科學圖像處理（在ImageJ中） - 建議去除背景

Question

我有一堆細菌分裂的電影，我應該跟蹤它們並檢測分裂等等。

現在，我是這個領域的新手，所以我正在尋找關於如何進行的初步建議。

我附上了幾個screenshots。

對於第一部分我必須擺脫背景。我怎麼做？ ImageJ工具似乎很有前途（更好的說是壓倒性的），我寧願使用它，因爲我將用Java開發，所以我會很感激來自ImageJ大師的一些建議。

這是到目前爲止，我已經發現了一些選項，但我不能讓他們爲所有的情況都是：

• 滾球改造（處理 - >扣除背景）
• 二值化？ （圖像 - >調整閾值）
• 或可以像
  這ImageJ中來完成：
  http://www.mathworks.com/products/image/demos.html?file=/products/demos/shipping/images/ipexrice.html

請有關如何最好地擺脫這些各種情況BG的建議。

感謝，

伊戈爾

Answer 1

您需要細分和跟蹤細菌。有很多方法可以做到這一點。這是一個人們正在發表的研究問題。

有時候效果很好的一種方法是「分水嶺」算法。簡而言之，我們將圖像想像成3D像素值表示高度的3D表面。然後，你逐漸將水倒在水面上，等待水從一個流域溢出到另一個流域。那裏發生了你有兩個地區。下面是一個演示它的鏈接：watershed algorithm in matlab

您也可以考慮使用水平集方法，因爲他們傾向於在較少調整的情況下做得更好。最着名的是Chan和Vese的主動輪廓方法。

這裏就是我得到沒有任何額外的工作，你的形象上運行燦Vese：

兩個分割算法會要求你做一些特別的東西來得到它的右邊你的工作圖片。

當你有整個細菌移動的視頻，你可以做得更好。對於背景減法你可能想看看「穩健PCA」

www-stat.stanford.edu/~candes/papers/RobustPCA.pdf

www.cds.caltech.edu/~ipapusha/pdf/robust_pca_apps.pdf

http://users.cms.caltech.edu/~mccoy/code/

已得到廣泛關注的成交爲這個應用程序。