出現空白圖像

我正在使用simpleITK以.mha格式處理MRI圖像。隨後我將它轉換成一個numpy數組。我能夠使用matplotlib可視化圖像。但是，如果我執行任何預處理，或者我通過二進制掩碼乘以圖像，我所得到的只是一張空白圖像。有什麼我失蹤了。我的簡化代碼如下所示。出現空白圖像

import SimpleITK as sitk 
import numpy as np 
from matplotlib import pyplot as plt 
input_image = sitk.ReadImage('MRI.mha') 
input_array = sitk.GetArrayFromImage(input_image) 
plt.imshow(input_array[0,:,:],cmap = 'gray') # I get an image for this. No preprocessing has been performed. 
plt.show() 
# However, if I replace input_array after preprocessing, I get a black square.

我認爲這與數據範圍有關，但我無法確定在哪裏。在預處理之前可視化的圖像最大值爲744.預處理後，此值降至4，即出現問題時。任何指向我可能會出錯的地方？

來源

2016-05-16 Raghuram

嘗試檢查預處理後數據的最小值和最大值。另外請確保你沒有創建NaN或任何會出現屏蔽的值。這是爲了確保問題不是你的數據，而是情節本身。如果可能，你可以提供一個隨機的例子，以便其他人可以自行測試嗎？ – armatita

預處理後的數據落在0到4的範圍內。數據中沒有NaN。這是包含標籤的圖像（https://drive.google.com/open?id=0BwD-ZZ_dzJIgaF83aTljWUtVLVU），用於預處理MRI圖像。此鏈接（https://drive.google.com/open?id=0BwD-ZZ_dzJIgaWpSREZPRGxFQjg）MRI圖像。 – Raghuram

因此，RF分類圖像有7個標籤。標籤1是白色物質。標籤4,5,6和7是腫瘤區域。 – Raghuram

你應該在任何處理之前檢查你的圖像像素類型。您正在測試的MRI圖像量具有sitkInt32（有符號32位整數）像素類型。所以你的處理（例如你的分割操作）很可能會使你的像素值變爲零，並且你會得到黑色的圖像。您可以投你的形象使用SimpleITK浮動：

input_image = sitk.ReadImage('MRI.mha') 
print(input_image.GetPixelIDTypeAsString()) 
input_image = sitk.Cast(input_image,sitk.sitkFloat32) 
input_array = sitk.GetArrayFromImage(input_image)

或處理之前更改numpy的數組數據類型：

input_image = sitk.ReadImage('MRI.mha') 
input_array = sitk.GetArrayFromImage(input_image) 
input_array = input_array.astype(np.float32)

瞭解更多關於像素類型的SimpleITK Image Basics notebook。

來源

2016-07-02 06:54:16 mhrtsh

出現空白圖像

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