循環保存輸出到矩陣

Question

我試圖訪問NCBI SRA數據庫，查詢它的ID列表並將輸出保存到矩陣。

我正在使用Bioconductor的sradb軟件包來做到這一點，現在我可以訪問和查詢數據庫，但它真的很慢，我不知道如何保存循環輸出。

文件GPL11154_GSMs.txt包含我感興趣的ID和它看起來像這樣：

GSM616127 
GSM616128 
GSM616129 
GSM663427 
GSM665037 

我現在已經更新在每個迭代上的結果。

#source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
#biocLite("SRAdb") 
library(SRAdb) 

#connect to databasse 
sqlfile <- getSRAdbFile() 
sra_con <- dbConnect(SQLite(),sqlfile) 


## lists all the tables in the SQLite database 
sra_tables <- dbListTables(sra_con) 
sra_tables 


dbGetQuery(sra_con,'PRAGMA TABLE_INFO(study)') 

## checking the structure of the tables 
#dbListFields(sra_con,"experiment") 
#dbListFields(sra_con,"run") 



#read in file with sample IDs per platform 
x <- scan("GPL11154_GSMs.txt", what="", sep="\n") 
gsm_list <- strsplit(x, "[[:space:]]+") # Separate elements by one or more whitepace 
for (gsm in gsm_list){ 
    gsm_to_srr <- getSRA(search_terms = gsm, out_types = c("submission", "study", "sample","experiment", "run"), sra_con) 
    print(gsm_to_srr) 
    } 

Answer 1

使用lapply代替forloop，嘗試：

res <- lapply(gsm_list, function(gsm){ 
    getSRA(search_terms = gsm, 
     out_types = c("submission", "study", 
         "sample","experiment", "run"), 
     sra_con) }) 

從手冊，getSRA應該返回一個data.frame，所以res對象將有data.frames的列表。如果我們需要將data.frames的列表轉換爲一個data.frame，那麼this post是如何做到的。