R預測生存曲線R-參數法

我正嘗試在R中爲survreg或flexsurvreg創建預測的生存圖。但是當我在倖存中使用多於一個預測變量時，我得到了該圖的錯誤。我想嘗試使用flexsurvreg或survreg，對於肺部數據集，我使用下面的代碼來擬合模型。R預測生存曲線R-參數法

require(survival) 
s <- with(lung,Surv(time,status)) 

sWei <- survreg(s ~ as.factor(sex)+age+ph.ecog+wt.loss+ph.karno,dist='weibull',data=lung) 

fitKM <- survfit(s ~ sex,data=lung) 
plot(fitKM) 

lines(predict(sWei, newdata=list(sex=1),type="quantile",p=seq(.01,.99,by=.01)),seq(.99,.01,by=-.01),col="blue") 
lines(predict(sWei, newdata=list(sex=2),type="quantile",p=seq(.01,.99,by=.01)),seq(.99,.01,by=-.01),col="red")

當我使用上述命令進行繪圖時，出現錯誤。請在繪製預測生存曲線時讓我知道我做錯了什麼。

> lines(predict(sWei, newdata=list(sex=1),type="quantile",p=seq(.01,.99,by=.01)),seq(.99,.01,by=-.01),col="red") 
Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'age' not found

來源

2016-07-23 NiroshaR

您正在使用模型中的許多變量。在創建'newdata'時，您需要爲模型中的所有變量創建值。 –

謝謝羅馬。在我的模型中，我必須使用許多變量，還有另一種方法可以在調整許多變量後創建生存曲線。 – NiroshaR

我們需要將list中的值賦給模型中的每個變量，以便它可以繪製曲線。

require(survival) 
s <- with(lung,Surv(time,status)) 

sWei <- survreg(s ~ as.factor(sex)+age+ph.ecog+wt.loss+ph.karno,dist='weibull',data=lung) 

fitKM <- survfit(s ~ sex,data=lung) 
plot(fitKM) 

lines(predict(sWei, newdata=list(sex=1, 
           age = 1, 
           ph.ecog = 1, 
           ph.karno = 90, 
           wt.loss = 2), 
           type="quantile", 
           p=seq(.01,.99,by=.01)), 
           seq(.99,.01,by=-.01), 
           col="blue") 
lines(predict(sWei, newdata=list(sex=2, 
           age = 1, 
           ph.ecog = 1, 
           ph.karno = 90, 
           wt.loss = 2), 
           type="quantile", 
           p=seq(.01,.99,by=.01)), 
           seq(.99,.01,by=-.01), 
           col="red")

來源

2016-07-23 13:00:01

非常感謝。你剛剛分配年齡= 1，還是有另一個原因。 – NiroshaR

@Mani你很受歡迎。「年齡」，其他變量必須有價值，但我沒有任何特別的理由來選擇我所做的價值觀。我認爲你希望看到「性」的效果，所以我只是將其他人任意設置，並在藍色和紅色曲線之間保留除「性別」之外的所有內容。 –

非常感謝你。這真的很有幫助。 – NiroshaR

R預測生存曲線R-參數法

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