不同的爆破工具

Question

我目前正在尋找商業與非商業爆破工具。我已經多次使用NCBI blast來進行當地的blast搜索，但現在我正在尋找有趣的替代方案。在我的搜索過程中，我發現了一些有趣的結果，如CUDA-Blast，GPU-Blast，WU-Blast，BlastStation2，mpiBlast和Turboblast。任何人都可以使用這些工具？或者有沒有類似BlastStation2的工具，我錯過了？我錯過了任何重要的商業或非商業爆破工具？

我真的很感謝你的幫助。

感謝，

Beeth

Answer 1

你可能想看看http://www.sequenceserver.com 它是開源的。它使得您可以快速設置一個本地BLAST服務器，從而獲得Web界面。 （意思是你也可以與同事分享）。

聲明：我是開發人員之一。

乾杯，

雅尼克

Answer 2

你也應該看看的FASTA程序，它提供了相同的比較函數，等等。 FASTA程序可以生成BLAST輸出，因此分析管道需要最少的修改。

http://faculty.virginia.edu/wrpearson/fasta