R中子集化後的Miscalculation

我在計算子集數據時遇到了一個問題。不過，最初我從文件提取一些信息到另一個。然後，我嘗試計算每個器官的患者人數。正確運行之前的命令現在給我一個錯誤。它不顯示任何錯誤 - 只是錯誤地計算值。R中子集化後的Miscalculation

輸入文件是在這個環節：https://www.dropbox.com/sh/8bo4b4dpmydj19w/AADZ7WuoecrjPwm_qyF8NRMza?dl=0

這是我的命令行。

Clinical_Samples_map = read.xls("b.xlsx") # calling my file 
Clinical_Samples_Original = read.xls("a.xlsx", sheet=1) # the file where I get additional information 

Clinical_Samples_map$AnatomicLocation = Clinical_Samples_Original[match(Clinical_Samples_map$SampleID, Clinical_Samples_Original$TubeName),"AnatomicLocation"] 

map<-Clinical_Samples_map # Just changing the name 

# Anatomic Location 

sub_map_AnatomicLocation <- map[!duplicated(map$patient_number), ] # Excluding the duplicate of patient by checking patient_number column 
sub_map_AnatomicLocation <- data.frame(sub_map_AnatomicLocation) 
sub_map_AnatomicLocation_patient <- subset(sub_map_AnatomicLocation, Disease != "Unknown" & AnatomicLocation != "Unknown") # Getting rid of "Unknown" value if there is any 


AnatomicLocation_patient <- count_(sub_map_AnatomicLocation , c("Disease","AnatomicLocation")) 

write.table(AnatomicLocation_patient, "AnatomicLocation_patient.txt",col.names = TRUE) 
write.table(Clinical_Samples_map, "Clinical_Samples_map2.txt",col.names = TRUE)

但是，當我比較兩個寫入的txt文件我有不同的數字。有誰知道爲什麼發生這種情況？舉例來說，如果你看看CD迴腸的IT顯示3例但是當我看Clinical_Samples_map2.txt我可以算4

附加的東西，如果我嘗試生成一些情節與ggplot：

ggplot(data=Clinical_Samples_map, aes(x=Disease, y=AgeAtSampling, fill=Disease)) + 
    geom_boxplot(notch = TRUE) + 
    ggtitle("Clinical_Samples_map_Disease") + 
    scale_y_continuous(name = "Age at Sampling", breaks = seq(0, 80, 20), limits=c(0, 80)) + 
    scale_x_discrete(name = "Disease") + 
    geom_jitter(colour = "black", size = 2, width = 0.15, height = 0.3) + 
    theme(legend.position = "bottom") + 
    labs(fill = "Disease") + 
    theme(axis.title=element_text(face="plain", size="30", color="black",family = "Gill Sans MT"), 
     axis.text.x = element_text(colour="grey20",size=20,angle=45,hjust=.5,vjust=.5,face="plain"), 
     axis.text.y = element_text(colour="grey20",size=20,angle=0,hjust=1,vjust=0,face="plain"), 
     legend.text=element_text(face="plain", size="30", color="black"), 
     legend.title=element_text(face="plain", size="30", color="black"))

我得到了一個錯誤：

Error: Discrete value supplied to continuous scale

我認爲這就是問題所在。我可以克服這個來產生情節，但我不明白爲什麼它計算錯誤？

任何人都可以幫助解決這個問題嗎？我掙扎了很長時間，還沒搞清楚。

非常感謝。

Bahti

來源

2017-05-04 Lothlorian

對不起我的錯誤...下面是使用過的圖書館：圖書館（gdata）和圖書館（dplyr）... – Lothlorian

請更新您的文章'庫'行，而不是在評論中，所有人都可以看到。 – Parfait

我想我想通了。由於我從來沒有遇到過這個問題，我從來沒有想過這個問題我只是需要改變成字符一些列

map[] <- lapply(map, as.character)

我用這個第一，爲我所用

特定列

map_AnatomicLocation $ AgeAtSampling = as.numeric（水平（map_AnatomicLocation $ AgeAtSampling））[map_AnatomicLocation $ AgeAtSampling ]＃如果離散值有問題

然後它允許我繪圖和計算。

來源

2017-05-04 17:37:03 Lothlorian

此解決方案解決了什麼問題？你的計算錯誤還是'ggplot'錯誤？儘管鼓勵您回答自己的問題，但請爲未來的讀者提供充分和一般的答案（幾乎就像*過去*自我交談）。 – Parfait

R中子集化後的Miscalculation

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