準備igraph輸入數據通過使id從一開始

Question

我有一個數據庫有三列，前兩個代表一個圖的頂點的ID，而第三個代表它們之間的距離。

cbind(id1=c(10,10,30,12,400,30),id2=c(11,12,400,30,10,79),dist=c(1000,20000,30123,1233,20200,400)) 

     id1 id2 dist 
[1,] 10 11 1000 
[2,] 10 12 20000 
[3,] 30 400 3
[4,] 12 30 1233 
[5,] 400 10 20200 
[6,] 30 79 400 

爲了讓igraph包讀取這樣的數據，頂點id必須是連續的，並從一開始。所以這樣的事情：

id1 id2 dist 
[1,] 1 2 1000 
[2,] 1 3 20000 
[3,] 4 5 3
[4,] 3 4 1233 
[5,] 5 1 20200 
[6,] 4 6 400 

任何人都可以建議我一種方法自動做到這一點？ 另外，我也想創建轉換表原件和新名稱的ID：

old_id new_id 
[1,] 1 1 
[2,] 11 2 
[3,] 12 3 
[4,] 30 4 
[5,] 400 5 
[6,] 79 6 

預先感謝您的幫助！

Answer 1

爲了讓igraph包讀取這些數據，頂點id必須是連續的，並從一開始。

這實際上不完全是這樣，你可以使用符號標識：

library(igraph) 

mat <- cbind(id1 =c(10, 10, 30, 12, 400, 30), 
      id2 =c(11, 12, 400, 30, 10, 79), 
      dist=c(1000,20000,30123,1233,20200,400)) 
g <- graph.data.frame(as.data.frame(mat)) 

g 
# IGRAPH DN-- 6 6 -- 
# + attr: name (v/c), dist (e/n) 

V(g)$name 
# [1] "10" "30" "12" "400" "11" "79" 

str(g) 
# IGRAPH DN-- 6 6 -- 
# + attr: name (v/c), dist (e/n) 
# + edges (vertex names): 
# [1] 10 ->11 10 ->12 30 ->400 12 ->30 400->10 30 ->79