不同像素尺寸的兩幅圖像之間的插值

Question

對於我的應用程序，我想插入兩幅圖像（CT到PET）之間。 所以我把它們之間的映射這樣的：

[X,Y,Z] = ndgrid(linspace(1,size(imagedata_ct,1),size_pet(1)),... 
       linspace(1,size(imagedata_ct,2),size_pet(2)),... 
       linspace(1,size(imagedata_ct,3),size_pet(3))); 
new_imageData_CT=interp3(imagedata_ct,X,Y,Z,'nearest',-1024); 

我的新形象new_imageData_CT的大小類似於PET圖像。問題是我的新圖像的數據縮放比例不正確。所以它被壓縮。我認爲這是因爲兩幅圖像之間的像素大小不同，並且不涉及插值。因此，例如：

• CT圖像尺寸：512x512x1027
• CT體素尺寸[mm]：1.5x1.5x0.6
• PET圖像尺寸：192x126x128
• PET體素尺寸[mm]：2.6 x2.6x3.12

那麼我怎麼能關心插值的體素大小呢？

Answer 1

我會讓別人給我回答這個問題，但我認爲你問的是錯誤的。當然，我缺乏背景知識，但乍一看，Matlab不適合工作。

• 看一看ITK（C++和Python包裝庫），以及 「Multi-modal 3D image registration」 的文章。
• 嘗試3DSlicer（它有以前的工具GUI）
• 嘗試FreeSurfer（相似，集中在腦部掃描）

你這樣做註冊步驟中，您可以通過出口所產生的後圖像（現在具有相同的大小和間距），如果您願意（或使用相同的工具）繼續在Matlab中進行插值。

Answer 2

您需要在患者座標系中執行匹配，但除了分辨率和體素大小之外還有更多需要考慮的事項。您需要同步兩卷的頭寸（也可能是方向，但這不太可能）。

您可能會發現this thread有助於找出哪些DICOM標籤描述了體積以及如何計算轉換矩陣以用於患者（x，y，z以毫米爲單位）和體積（列中的x，y，z） ，行，片號）。

您必須確保體積位置具有可比性，因爲CT和PET中切片的位置並不是最終指向相同的原點。這樣做的簡單方法是比較CT和PET切片的參考UID（0020,0052）的DICOM屬性。對於共享相同的參考幀UID的所有片，DICOM頭中片的位置指的是相同的原點。 如果數據集不包含這個標籤，它將變得更加困難，除非您將其作爲一個假設。有一些方法可以從稱爲「註冊」的像素數據的內容中推導兩個不同體積的匹配切片，但這是它自己的一門科學。請參閱Hugues Fontenelle的鏈接。

順便說一句：在你的例子中，由於卷的大小不同，你不會在每個位置的兩個卷中找到匹配的體素。例如。爲x方向：

CT：512 * 1.5 =768毫米

PET：192 * 2.6 =499毫米