生物信息學的最佳操作系統？

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Unix系統對於科學來說是流行的，所以我建議你使用Linux，特別是如果你打算使用FORTRAN。您可以嘗試使用Windows，但Windows API並不完全是程序員，而C＃（對於大多數應用程序來說速度非常快）對於科學計算而言可能太慢。 F＃對於科學來說真的很棒，但我不確定它對於複雜的計算是否足夠快。

我想你也可以使用C++，STL或者一些獨立於平臺的GUI工具包，比如Qt或者wxWidgets。這樣，你不必擔心平臺（那麼多）。

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2009-04-21 17:30:45

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由於該領域的許多參與者都是大學，許多大學都使用Linux，這是我的猜測。我知道學校的生物信息學部門，我的碩士學位使用Linux。

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2009-04-21 17:31:56

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如果你使用像Ubuntu這樣流行的Linux發行版，你最初會加載Perl和（我相信）Python。這些是用於生物信息學的流行語言，並且有一些很好的庫（Bioperl/biopython/CPAN /等）。

此外，我沒有使用它，但DNALinux是爲這樣的事情。

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2009-04-21 17:33:17 Colin

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雖然也許不是'最好的'操作系統，但那裏有大量的Windows軟件。在Pharma的工作中，我見過SAS，SPlus，StatXact，NQuery等。

也就是說，Linux正在不斷髮展。例如，R編程可用於多個操作系統。由於終端用戶對系統的熟悉程度，我懷疑這種滲透速度較慢。

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2009-04-22 15:41:05 atom255

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Mac OS X，您可以將Windows安裝在虛擬機中，並且是Unix。然後Linux的所有優點（帶有「端口」一個包管理程序）。

只是我的0.02美元。

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2009-04-22 15:48:57 yogsototh

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加載問題的類型...生物信息學分析的範圍可以從使用現有軟件到開發自己的軟件。因此，取決於你想要完成的將導致不同的答案。但是，Linux可能是您最好的選擇，因爲大部分生物信息學軟件需要從源代碼編譯，並且可能在Linux兼容平臺上開發。我目前的設置是一個Windows操作系統，Linux運行於VirtualBox。這樣我得到了很好的硬件支持（Linux仍然有些欠缺），並且能夠使用我需要的大量軟件程序進行研究。

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2009-04-22 16:03:25 Vince

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對於bioinfo，Linux很好，但很可能您需要一些軟件來進行數據分析。例如，就我而言，我不得不通過adobe illustrator改進通過腳本生成的矢量圖形圖像。在這種情況下，完整的Linux設置對我來說會很糟糕。

對於服務器和正在運行的程序（主要是perl腳本，因爲bioinfo社區喜歡perl），我強烈支持Linux。任何其他的Unix或者已經過時或者很快就會出現。

因此，我的建議是在服務器上使用Linux，並在筆記本上使用另一個Unix，以便更好地兼容。由於唯一適用於桌面的Unix解決方案是MacOSX，這就是你的問題的答案。

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2009-04-22 16:12:15

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在生物信息學和類似領域，您可以在工具集中進行選擇，其中通常涉及多個主機/來賓/目標操作系統。你工作的操作系統主要取決於你在哪裏/如何工作。

我已經在從純Linux到「純粹」Windows（hel-lo Cygwin）的許多不同的工作環境中工作。我從來沒有在Mac OS X上工作，但知道那些專門做的。

如果您打算開發FOSS應用程序以進行廣泛分佈，那麼需要使用Linux，ANSI C，Perl/Python，Apache/MySQL（即LAMP堆棧）。此外，Windows上也有類似的「WAMP」棧，使用Cygwin的人可以編譯和使用Linux中開發的許多工具。據我所知，許多Linux應用程序也可以在Mac OS X上構建/運行。

對於數據分析/可視化，流行的商業和甚至許多OSS工具運行在Windows與原生或Java版本。所以也許最好的設置是一個本地的Windows XP機器和[xhosted]訪問Linux的真實/虛擬實例。

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2009-04-27 12:00:06 bubaker

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Windows是一個不錯的選擇，有很多漂亮的標準應用程序，你可能會喜歡，AnnHyb，MeltSim，Base Pad和Winblast。

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2009-04-27 12:33:27 Echostorm

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看看Linux！它不僅是一個操作系統，而且是一個由社區人員在其所有部分（從內核到各種程序）生成和維護的軟件項目。

如果您長時間使用Linux（一兩年），您將學習如何生活併爲社區貢獻力量，這對科學家來說可能非常有用。

從技術角度來看，Linux是Unix系統的免費克隆，這意味着它在命令行（bash）中有很好的支持，還有很多工具來管理平面文件（sed，awk，grep），這將使您能夠對文本文件執行操作，而無需直接打開它們。此外，它有很好的工具，可讓您管理系統中安裝的程序，並通過點擊下載和安裝新程序。它可能缺乏一些先進的專有程序，但另一方面，你有很多免費的工具和良好的文檔。

我已經使用Linux 4年了，我不會錯過其他操作系統。

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2009-07-23 17:29:03 dalloliogm

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我注意到最近MacBooks發生了重大轉變。在最近的會議上，MacBook已經超越了Linux或Windows筆記本電腦。 Mac筆記本電腦的優點在於，如果偶然有些軟件包不可用，則可以使用fink或類似軟件在外殼上的筆記本電腦上執行所有Linux操作。而且，您實際上可以使用筆記本電腦來完成其他非核心工作。 Windows應用程序正在使用Parallels或VMFusion - 再加上統一功能，您無需運行完整的Windows VM。

在桌面上，我可能還會推薦linux。這是因爲如果您開發任何類型的服務器基礎架構，那麼部署環境也始終是Linux。服務器上的紅帽在學術環境中很受歡迎。然而，這並不像以前那麼重要，我也看到很多基於mac的桌面。我還注意到僅僅使用筆記本電腦進行開發的人數有所增加。

幾乎所有的生物信息學軟件都可用於Linux（因此通常可用於Mac）。我還沒有找到一個linux不可用的生物信息學程序 - 它幾乎都是開源的。 Mac的主要優勢是用於Illustrator等演示和程序的優質軟件。 LaTeX在寫作手稿的mac上也得到了很好的支持，Word本身也可以與非極客共享文檔。

腳本語言如perl和python（生物信息學的通用語言）在mac上得到了很好的支持 - 應該記住的是有許多版本的linux。相同的腳本可能需要一些工作才能在不同版本的linux上運行。

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2009-09-08 09:32:59 niallhaslam

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我在大學做了一個生物信息學課程，我們在Windows，Linux，Solaris和一些基於Web的應用上使用了各種工具。

我想簡短的回答是你需要訪問上述任何一個。雖然你應該能夠應付只是Windows或Linux。它只是限制你在該平臺上提供的工具。根據我的經驗（這是粗略的），生物信息學的工具通常用perl或java編寫，而且我認爲最近是Python，因此大多數平臺是獨立的。

有些工具會用c語言編寫，所以爲了使用它們，您需要擁有可用的平臺，或者爲您選擇的平臺找到構建版本。

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2009-10-07 11:12:14

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生物信息學是一個仍然嚴重依賴於文本文件處理的領域，因此Linux提供了許多核心的實用程序。一些必須具備的是貓，sed的，切，貼，的grep，再加上當然預裝Perl和Python解釋器。此外，像R（用於統計計算）這樣的軟件在Linux中沒有內存限制（而在Windows中，出於安全原因限制在可用RAM的百分比）。

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2009-11-12 10:38:45

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大多數生物學實驗室的學生和博士後使用Mac和OS/X。它是主要的平臺。典型的生物信息學類型更多的是以科學爲導向的，然而他們仍然必須與生物學家和生物工程師進行交流，而這些人往往不太注意科學。計算在生物信息學會議上運行哪些操作系統的筆記本電腦的數量，最流行的是OS/X。許多生物信息學工具都是用Perl或Java編寫的，而Python越來越流行。由於這些是面向POSIX的語言，爲POSIX操作系統編寫了許多第三方庫，選擇Windows將是一個不太好的選擇。然而：大多數用於儀器控制的商業應用程序，如生物鐘，主要是爲Windows編寫的，因爲這些供應商選擇最流行的企業平臺（通常忽略生物學家的抱怨）。

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2011-07-13 23:09:40

生物信息學的最佳操作系統？

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