本地BLAST Swissprot可數據庫錯誤

Question

我試圖與SwissProt登錄數據庫運行BLASTP時運行獨立NCBI-BLAST-2.2.28 +我的機器上（Mac），但收到此錯誤信息：

BLAST Database error: Could not find volume or alias file (nr.00) referenced in alias file (/Users/me/bin/db/swissprot.00). 

這裏什麼我所做的：

1）下載了 「NCBI-BLAST-2.2.28 + - 通用 - macosx.tar.gz」 從NCBI服務器，並解壓縮它

2）文件夾下的bin內容移動到我的$ PATH目錄「/ Users/me/bin」

3）在 「/用戶/我/ BIN」 我創建了一個 「DB」 文件夾，加上包含以下路徑 「.ncbirc」 文件：

4）我下載SwissProt數據庫的數據庫，並得到了

swissprot.00.msk 
swissprot.01.msk 
swissprot.02.msk 
swissprot.03.msk 
swissprot.04.msk 
swissprot.05.msk 
swissprot.06.msk 
swissprot.07.msk 
swissprot.08.msk 
swissprot.09.msk 
swissprot.10.msk 
swissprot.00.pal 
swissprot.01.pal 
swissprot.02.pal 
swissprot.03.pal 
swissprot.04.pal 
swissprot.05.pal 
swissprot.06.pal 
swissprot.07.pal 
swissprot.08.pal 
swissprot.09.pal 
swissprot.10.pal 
swissprot.pal 

後來，當我從任何工作目錄（在我的查詢文件）運行BLASTP，使用這個命令：：

blastp -query input.fasta -db swissprot 

我在「/用戶/我/斌/ DB /下列文件得到以下錯誤訊息GE：

BLAST Database error: Could not find volume or alias file (nr.00) referenced in alias file (/Users/me/bin/db/swissprot.00). 

正如我在其他線程讀取，我也試過在命令行中提在數據庫所在的整個路徑，並從文件中刪除名稱.PAL擴展。但仍然不起作用。

有人能看到我做錯了嗎？

Answer 1

你是存儲在數據庫文件夾中的數據庫文件，所以你必須給這個命令，而不是你已經使用了一個：

blastp -query input.fasta -db db/swissprot 

，我相信你正在尋找在控制檯本身作爲你的輸出沒有使用-out選項。

此外，只有當存在db文件夾的bin目錄被聲明爲環境變量時，它才能工作。

Answer 2

您是否檢查過.pal文件中的路徑？

Answer 3

已下載的Swissprot數據庫僅包含指向nr數據庫中的條目的鏈接：「非冗餘GenBank CDS翻譯+ PDB + SwissProt + PIR + PRF，不包括env_nr中的那些」。因此，您應該另外下載nr數據庫以使用SwissProt數據庫在您的機器上運行獨立的爆炸。它重約20（！）千兆，但沒有它，你的爆炸將無法正常工作。這裏有一個鏈接：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/

Answer 4

地方從00到10個文件夾到數據庫中的所有文件，然後檢查.PAL文件應包含00至10份例如用於NR databas它像

「nr.00」「NR。 01「」nr.02「」nr.03「」nr.04「」nr.05「」nr.06「」nr.07「」nr.08「」nr.09「」nr.10「