LiftOver在R（錯誤）

Question

我試圖使用LiftOver功能rtracklayer包，但我得到一個錯誤，這是我的代碼：

library(rtracklayer) 
library(gwascat) 
library(IRanges) 

chain <- import.chain("bosTau6.hg19.all.chain") 

df <- read.table(textConnection("chr start end 
chr5 58024309 58039917"), header =T) 

library(GenomicRanges) 

gr <- makeGRangesFromDataFrame(df, TRUE) 

humcon <- liftOver(gr, chain) 

要下載並解鏈文件到工作文件夾我使用：

wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/bosTau6/vsHg19/bosTau6.hg19.all.chain.gz 
gunzip gunzip bosTau6.hg19.all.chain.gz 

錯誤如下：

Warning message: 
'mseqapply' is deprecated. 
Use 'as(mapply(FUN, ...), 'List')' instead. 
See help("Deprecated") 

一些想法，爲什麼它不工作？謝謝！

Answer 1

這只是一個警告，而不是一個錯誤。

一個簡單的網絡搜索發現：

https://www.biostars.org/p/122005/