2010-02-18 37 views
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我已經試過谷歌沒有運氣。我已經看到一些弱引用強大的多數組平均完成與python,但沒有代碼。我對重新發明車輪並不感興趣。任何建議在Python模塊,腳本....用於健壯的多陣列數據平均在微陣列數據上的python腳本

如果我能找到一個很好的解釋或算法的例子,我會寫一個Python實現共享。

如果你不確定我在說什麼,你可以看看這個,雖然這不是定義。 http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/toolbox/bioinfo/ref/gcrma.html

回答

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您可能要考慮對R使用python接口,該接口具有gcrma包。 RPy是一個允許您使用系統中安裝的所有R模塊的模塊。 Bioconductor對於R有一個gcrma module我找不到任何Python模塊。

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對R的使用不太感興趣我是一個STATA粉絲。其實我想看看使用的實際算法。這並不容易找到。如果我能找到它,我會將它移植到python。 – Vincent 2010-02-19 04:07:52

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我是一位從事基因組學研究的生物學家,爲5-6個微陣列項目做出了貢獻。我也很流利地使用Python,並且可以在R中做得很好。

Python是一門很棒的語言,但是到目前爲止,我意識到沒有哪個模塊可以輕鬆滿足您的請求。另一方面,R則爲微陣列分析提供了大量的軟件包。

鑑於微陣列數據分析是如何通過標準微陣列芯片/技術的醫學應用推動的,生物研究必須使用定製開發的(大多數是R)包裝進行分析。不幸的是,我認爲這種情況爲更多全面的編程語言的微陣列數據分析留下了一個不那麼有趣的位置,這並沒有得到大量研究學生的讚賞。

希望你找到一個python的替代品,在這種情況下,請讓我們知道!

乾杯

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即使這個問題是六年多前,當我問自己最近同樣的問題問,我還是沒找到RMA的一個很好的Python實現。所以我做了一堆的研究方法和寫一個自己:

我也寫了一篇關於它的文章,進入了一些技術細節:

pyAffy: An efficient Python/Cython implementation of the RMA method for processing raw data from Affymetrix expression microarrays

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太好了。我最終也做了同樣的事情,但由於代碼的質量很低,沒有開源。我現在知道,開源是一種改進代碼的方法。 – Vincent 2016-03-01 01:49:21