2012-05-27 43 views
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我試圖運行需要R包'pkgDepTools'和'Rgraphviz'的代碼。我收到了錯誤消息,指出這兩個軟件包都不適用於R 2.15.0版。R:可以將rpm文件與Windows一起用於可能過時的R軟件包嗎?

谷歌搜索打開了以下網頁RPM Pbone,似乎有包:

http://rpm.pbone.net/index.php3/stat/4/idpl/17802118/dir/mandrake_other/com/R-pkgDepTools-1.20.0-1-mdv2012.0.i586.rpm.html

http://rpm.pbone.net/index.php3/stat/4/idpl/17802080/dir/mandrake_other/com/R-Rgraphviz-1.32.0-2-mdv2012.0.i586.rpm.html

但是,文件有*的.rpm擴展而不是我習慣的* .tar.gz或* .zip擴展名。

我使用Windows 7和R版本2.15.0。我可以從* .rpm文件安裝R軟件包嗎?

維基百科*的.rpm看起來也許它更適用於Linux:

http://en.wikipedia.org/wiki/RPM_Package_Manager

至於其他可能的解決方案,我發現幾個早期的帖子在這裏關於安裝的R程序包中未提供類似的問題在最新版本的R:

Bivariate Poisson Regression in R?

Package ‘GeneR’ is not available

R Venn Diagram package Venerable unavailable - alternative package?

我已經安裝了最新版本的Rtools和軟件包'devtools'。雖然我對他們一無所知。

有 'Rgraphviz' 這裏的封存版本:

http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Rgraphviz/

,但我無法找到 'pkgDepTools' 的封存版本。

如果我可以使用上述* .rpm文件在Windows計算機上安裝軟件包,有人請提供說明嗎?

如果我必須用Rtools打造他們,我可能會因爲在鏈接下面的說明是對我來說挑戰提出更多的問題:

http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html#Building-from-source

要完全透明,我希望有人可以建立他們我,如果這是可能的。儘管我認識到自己從中獲得的經驗和知識可能會從長遠來看付出代價。

謝謝你的任何建議。

回答

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pkgDepToolsRgraphviz是Bioconductor的R封裝未託管在CRAN的。除非您將R配置爲從這些回購軟件下載軟件包,否則R將報告它們不可用;它只能從已配置安裝的repos安裝。

安裝這些Bioconductor的封裝提供了一種精簡版的安裝方法:被設置在Install page of the BioConductor website

一般來說,你不能在Windows上使用RPM軟件包

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite(c("pkgDepTools", "Rgraphviz")) 

進一步詳情; rpm等於Linux的二進制包。任何C/C++/Fortran/etc代碼都將針對Linux編譯而不是Windows。如果軟件包真的不適用於您的R版本,請檢查是否存在CRAN中聲明的原因(通常Windows的二進制文件需要花費數天時間才能生成,或者可能需要CRAN Windows構建機器上沒有的軟件) 。你可以嘗試由Uwe Ligges運行的WinBuilder服務來爲你構建Windows二進制包,但是如果包在CRAN中,現在不是這樣,它表示它不再適用於當前的R,並且無法構建。

通常嘗試更廣泛的搜索包;根據中搜索字符串「pkgDepTools」我的谷歌搜索結果中的第一主打是其包括從內R.

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您提供的兩條線似乎工作。但是,當我輸入庫('pkgDepTools'),我得到一個彈出式錯誤消息,指出'DP_LocalAvatar:Rgui.exe - 系統錯誤''程序無法啓動,因爲您的計算機缺少libcdt-4.dll。嘗試重新安裝程序來解決問題。'在R本身,我得到一個錯誤,說沒有R包'pkgDepTools'。這是否意味着我必須卸載R? –

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其實這個錯誤是由Rgraphvis引起的,而不是pkgDepTools引起的。這裏是一個類似的報告,從2009年http://r.789695.n4.nabble.com/Rgraphviz-install-td878526.html我會等到早上再看看它。 –

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我已經提前點擊了複選標記,但經過7個小時的嘗試,我一直無法安裝Rgraphviz。我在互聯網上發現了幾個其他職位在幾年內表達同樣的問題,但沒有明確的解決方案。我會聯繫Bioconductor。如果他們可以協助安裝Rgraphviz,我會在這裏發佈解決方案。 –

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我想就如何安裝包在Windows二進制指令鏈路包Bioconductor的頁面這值得回答而不是評論。

Bioconductor的一位紳士幫助我安裝了Rgraphviz。主要的問題是,我下載的Rgraphviz版本似乎只適用於32位版本的R,而且我運行的是R的64位版本。我能夠將Rgraphviz安裝在32位版本的R

在我的一些嘗試安裝Rgraphviz的過程中,我在PATH語句中也犯了一兩個錯誤。但是,在第二條評論中的上述帖子提供了安裝說明。

你只是,似乎不能R.

的64位版本上安裝Rgraphviz的正常下載的版本,我認爲我們的許多電子郵件來回,現在張貼在Bioconductor的論壇。

我可能會在接下來的24小時內編輯此答案並提供更詳細的說明。