使用ggplot2覆蓋混合效果模型結果

Question

我在ggplot2中顯示我的lmer模型的結果時遇到了一些困難。我特別感興趣的是在觀察數據之上顯示預測的迴歸線。我對這個（語音）數據運行的模型11聚物這裏是下面：

lmer.declination <- lmer(zlogF0_m60~Center.syll*Tone + (1|Trial) + (1+Tone|Speaker) + (1|Utterance.num), data=data) 

這裏的因變量是基頻（F0），標準化和跨音節的中間60％的平均值。固定效果是音節數（Center.syll），從句子末尾向後計數（例如-2是句子中最後一個音節）。這裏的數據來自詞彙音調語言，所以音調（所有低音/ 1 /，所有中音/ 3 /和所有高音/ 4 /）都是離散的固定效果。實驗問題是F0是否落在這種語言的句子中，如果是這樣，多少，以及語調是否重要。對我來說想想一種在這裏生產玩具數據集的方法有點困難，但是可以下載這些數據（文件爲437K）here。

爲了提取模型擬合，我使用了效果包並將輸出轉換爲數據幀。

ex <- Effect(c("Center.syll","Tone"),lmer.declination) 
ex.df <- as.data.frame(ex) 

我繪製使用GGPLOT2中的數據，用下面的代碼：

t.plot <- ggplot(data, aes(factor(Center.syll), zlogF0_m60, group=Tone, color=Tone)) + stat_summary(fun.data = mean_cl_boot, geom = "smooth") + ylab("Normalized log(F0)") + xlab("Syllable number") + ggtitle("F0 change across utterances with identical level tones, medial 60% of vowel") + geom_pointrange(data=ex.df, mapping=aes(x=Center.syll, y=fit, ymin=lower, ymax=upper)) + theme_bw() 
t.plot 

這將產生以下情節：

Predicted trajectories and observed trajectories

預測值出現的左觀察到的數據，不覆蓋數據本身。無論我如何嘗試，我都無法讓它們在觀察到的數據上重疊。理想情況下，我希望繪製一條線而不是一個點範圍，但是當我嘗試使用geom_line時，默認情況下線是從一個點的上界連接到下一個點的下界（而不是中點/中點）。感謝您的幫助。

Answer 1

（編輯：由於OP指出，他其實幷包括一個鏈接到他的數據集我的道歉暗示他沒有。）

首先，你將有太多如果您提供minimal, complete, and verifiable example (MVCE)，運氣會更好。請參閱here以獲取有關如何爲R專門做出最佳效果的信息。

由於缺乏您的實際數據，我相信您的問題在於您將stat_summary作爲x軸的因子，而對於geom_pointrange則沒有。我嘲笑了從圖中你鏈接到爲了證明玩具例子：

dat1 <- data.frame(x=c(-6:0, -5:0, -4:0), 
        y=c(-0.25, -0.5, -0.6, -0.75, -0.8, -0.8, -1.5, 
         0.5, 0.45, 0.4, 0.2, 0.1, 0, 
         0.5, 0.9, 0.7, 0.6, 1.1), 
        z=c(rep('a', 7), rep('b', 6), rep('c', 5))) 

dat2 <- data.frame(x=dat1$x, 
        y=dat1$y + runif(18, -0.2, 0.2), 
        z=dat1$z, 
        upper=dat1$y + 0.3 + runif(18, -0.1, 0.1), 
        lower=dat1$y - 0.3 + runif(18, -0.1, 0.1)) 

現在，下面的調用給我類似圖形結果你鏈接到：

ggplot(dat1, aes(factor(x), # note x being factored here 
       y, group=z, color=z)) + 
    geom_line() + # (this is a place-holder for your stat_summary) 
    geom_pointrange(data=dat2, 
        mapping=aes(x=x, # but x not being factored here 
           y=y, ymin=lower, ymax=upper)) 

但是，如果我刪除初始x值的保理，我得到覆蓋線和點範圍：

ggplot(dat1, aes(x, # no more factoring here 
       y, group=z, color=z)) + 
    geom_line() + 
    geom_pointrange(data=dat2, 
        mapping=aes(x=x, y=y, ymin=lower, ymax=upper)) 

請注意，我仍然得到疊加的結果，如果我因子的x軸的兩個。兩者必須一致。

再次強調，如果您提供代碼，我們可以複製/粘貼到R會話並查看您所看到的內容，那麼我對它的整個過程有多大幫助。希望這可以幫助你，但如果你幫助我們幫助你，它會更加順利（並且很快）。