運行傅立葉變換時R中「無法分配矢量大小n mb」

Question

我有一個CSV文件。它的大小是300MB。我想用這個命令來完成每一列FFT：

apply(df,2,function(x){fft(x[!is.na(x)])}) 

，但我得到這個錯誤：

Error: cannot allocate vector of size 293.0 Mb 
In addition: Warning messages: 
1: In as.matrix.data.frame(X) : 
    Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) 
2: In unlist(X, recursive = FALSE, use.names = FALSE) : 
    Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) 
3: In unlist(X, recursive = FALSE, use.names = FALSE) : 
    Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) 
4: In aperm.default(X, c(s.call, s.ans)) : 
    Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) 
5: In aperm.default(X, c(s.call, s.ans)) : 
    Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) 
6: In aperm.default(X, c(s.call, s.ans)) : 
    Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) 
7: In aperm.default(X, c(s.call, s.ans)) : 
    Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) 

我使用Windows 7-32位，如果我運行此命令memory.limit()結果3000

我該如何解決我的問題？我不能購買更多的內存;）

Answer 1

你的內存不需要只適合新分配的矢量，而是適合你的R會話中的所有其他內容。這就是爲什麼即使你的限制看起來不錯，你也會得到這個錯誤。

我建議使用for()循環而不是apply()。這可能不那麼優雅，但更具有內存效率，因爲在內存中一次只有一列。