我有兩個想法,都有缺點。也許你可以根據自己的需要調整其中之一。很抱歉,目前無法訪問雲端硬盤,因此使用了一些仿真數據。
1 「手動」 多項式擬合模型
在這裏你可以指定你最喜歡的機型,某些領域可能是LM的,一些多項式等
代碼:
library(segmented)
library(ggplot2)
library(data.table)
# Data
set.seed(12)
xx <- 1:100
yy <- 2 + 1.5 * pmax(xx-35, 0) - 1.5 * pmax(xx-70, 0) + 15 * pmax(runif(100) - 0.5, 0) + rnorm(100, 0, 2)
dt <- data.table(x = xx, y = yy, type = 'act')
dt_all <- copy(dt)
# lm
lm_lin <- lm(y ~ x, data = dt)
summary(lm_lin)
# Find segments
lm_seg <- segmented(
lm_lin, seg.Z = ~ x, psi = list(x = c(30, 80)))
# "Manual" lm's
breaks <- unname(lm_seg$psi[, 'Est.'])
lm_poly1 <- lm(y ~ poly(x, 4), data = dt[x < breaks[1], ])
lm_2 <- lm(y ~ x, data = dt[x > breaks[1] & x < breaks[2], ])
lm_poly3 <- lm(y ~ poly(x, 4), data = dt[x > breaks[2], ])
dt_all <- rbind(
dt_all,
data.table(x = xx, y = c(
predict(lm_poly1),
predict(lm_2),
predict(lm_poly3)),
type = 'lm_poly'
)
)
2.使用來自segmented
和某些樣條的斷點擬合一個gam模型
在這裏你會得到一個段之間的平滑過渡,但是你對發生的事情的控制很少。
# Using splines for smooth segments
library(mgcv)
spl <- gam(y ~ s(x, bs = "cc", k = 12), data = dt, knots = list(xx = breaks))
# Plot
dt_all <- rbind(dt_all, data.table(x = xx, y = predict(spl), type = 'spl'))
ggplot(dt_all, aes(x = x, y = y)) + geom_point(size = 1) +
facet_grid(. ~ type) + theme_minimal()
![enter image description here](https://i.stack.imgur.com/tgSs2.jpg)
兩者都可以使用例如進行list()
和lapply()
自動化一點(用於不同數量的休息等)。
編輯:
通過的poly
和s
你可以稍微「更好的」擬合模型改變參數,但在邊緣gam
錯誤是相當大的,看到degree = 6
和k = 30
:
![enter image description here](https://i.stack.imgur.com/90HF0.jpg)
您是否需要使用'segmented'軟件包,或者只需對數據集進行子集併爲每個段構建單獨的'lm'模型? – C8H10N4O2
是的,因爲我希望休息時間也可以用一些起始值進行計算,如示例 –
準確地說,這是確切數據的確切問題http://stackoverflow.com/q/42643638/4729183 –