歐幾里得距離

Question

我點的numpy的數組：

points = rand(dim, n_points) 

我需要：

1. 計算所有L2範數（歐幾里得距離）的某個點和所有其他之間分數
2. 計算所有成對距離。

並且最好是所有的numpy和no的。如何做到這一點？

Answer 1

如果你願意使用SciPy的，在scipy.spatial.distance模塊（功能cdist和/或pdist）你想要什麼，所有的在C.循環做，你可以用廣播做到這一點，但有一些額外的內存開銷。

Answer 2

這可能與第二部分幫助：

import numpy as np 
from numpy import * 
p=rand(3,4) # this is column-wise so each vector has length 3 
sqrt(sum((p[:,np.newaxis,:]-p[:,:,np.newaxis])**2 ,axis=0)) 

這給

array([[ 0.  , 0.37355868, 0.64896708, 1.14974483], 
    [ 0.37355868, 0.  , 0.6277216 , 1.19625254], 
    [ 0.64896708, 0.6277216 , 0.  , 0.77465192], 
    [ 1.14974483, 1.19625254, 0.77465192, 0.  ]]) 

如果p是

array([[ 0.46193242, 0.11934744, 0.3836483 , 0.84897951], 
    [ 0.19102709, 0.33050367, 0.36382587, 0.96880535], 
    [ 0.84963349, 0.79740414, 0.22901247, 0.09652746]]) 

並且你可以通過

檢查中的一個條目

sqrt(sum ((p[:,0]-p[:,2])**2)) 
0.64896708223796884 

訣竅是把newaxis，然後做廣播。

祝你好運！