Cholesky分解

在我的一個matlab代碼中，我必須處理某個給定矩陣的Cholesky因式分解。我通常調用chol(A,'lower')來生成下三角因子。Cholesky分解

現在，用profiler檢查我的代碼，很明顯功能chol是非常耗時的，特別是如果輸入矩陣的大小變大。

因此，我想知道，如果有任何有價值的替代內置chol函數。

我一直在想LAPACK函數庫，也就是spptrf函數。它是否可用於MATLAB？

任何暗示或支持都是值得歡迎的。

EDIT

只是作爲一個例子，分析器檢索此信息：

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其中Coh_u具有大小(1395*1395)。還有，要注意的是，chol被稱爲4000次，因爲我需要膽甾醇因子4000不同的配置。

來源

2013-02-26 fpe

背後幕後Matlab通常使用高質量的數字圖書館，這些數字圖書館在準確性，精度和速度上與現成的圖書館如BLAS，LAPACK等相同（廣義上講）。事實上，在某些情況下，Matlab使用那些庫。這很可能，但我沒有檢查，他們的'chol'的實現使用這樣的代碼。比我更好的程序員（儘管可能並不比你更好）試圖實現（以某種方式）更快的Matlab數字例程實現，並失敗了。 – 2013-02-26 14:32:35

此刻我正在比較我的代碼的性能與另一個，用'fortran'編寫，並使用lapack'spptrf'。feelinf是'spptrf'比'chol'快得多，儘管在比較兩種不同語言的類似代碼時總是需要小心謹慎。我懷疑'MATLAB'內部調用'LAPACK'庫，但我不太確定。 – fpe 2013-02-26 14:39:06

我不確定你使用的是什麼版本的matlab，但是我發現了this discussion，這表明在舊版本中Cholesky因式分解在描述時非常緩慢。

其中一個答案說使用CHOLMOD package or SuiteSparse，其中chol2函數應該是更快。

來源

2013-02-26 15:30:22 munk

我正在使用Matlab的最新版本，因此'CHOLMOD'應該已經實現。或者我認爲是這樣！ – fpe 2013-02-26 15:35:42

，你能否證實如果Coh_u正確的表達式爲下

一）Coh_u = exp(-a.*sqrt((f(ii)/Uhub).^2 + (0.12/Lc).^2)).*(df.*psd(ii,1));

或

B）Coh_u = exp(-a.*dist*sqrt((f(ii)/Uhub).^2 + (0.12/Lc).^2)).*(df.*psd(ii,1));

中的差異）和b）是在b）dist已被添加，這是兩個矩陣之間的距離Y和Z，使得

dist = pdist2([Y(:) Z(:)],[Y(:) Z(:)]);

但是它會導致chol()函數出現「Matrix not positive definite」錯誤。

來源

2015-09-29 12:06:40 pravinkulkarni

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