其中具有相同的文件命名格式[R]

Question

不同的目錄中列出的文件，我想cbind幾個文件一起使用：

do.call("cbind",lapply(sample_list, FUN=function(files){read.table(files, header=TRUE, sep="\t", stringsAsFactors=FALSE)})) 

但是，我sample_list文件（例如，1c.QC.dat）是不同的目錄。但是目錄遵循相同的模式：

/home/Project1/Files/Sample_*/*.QC.dat 

其中*是樣本ID。

有沒有辦法輕鬆列出這些文件？

Answer 1

我們首先選擇我們的Sample_*目錄。

main_dir <- '/home/Project1/Files/' 
directories <- list.files(main_dir, pattern = '^Sample_') 
directories <- Filter(function(x) file.info(file.path(main_dir, x))$isdir, directories) 

我們現在有Sample_開始目錄的特徵向量。現在，我們可以在我們的data.frames閱讀：

dfs <- lapply(directories, function(subdir) { 
    files <- list.files(path <- file.path(main_dir, subdir), pattern = '\\.QC\\.dat$') 
    subdfs <- lapply(files, function(filename) 
    read.table(file.path(path, filename), header=TRUE, sep="\t", stringsAsFactors=FALSE) 
) 
    do.call(rbind, subdfs) 
}) 

最後，我們將它們綁定到一個巨大的數據幀：

dfs <- do.call(rbind, dfs) # Notice we used the same trick twice 

較短，但聰明的選擇是使用recursive = TRUE參數上list.files：

dfs <- do.call(rbind, lapply(
    list.files(path <- '/home/Project1/Files/', 
      pattern = '^Sample_.*\\.QC\\.dat$', recursive = TRUE), 
    function(filename) 
    read.table(file.path(path, filename), header=TRUE, sep="\t", stringsAsFactors=FALSE) 
))