R - 使用glmnet with purrr/tidyr

爲了在我的數據中使用tidyr和purrr在我的數據組中運行模型，我從此R Bloggers link得到以下代碼。但是，我想在我的嵌套數據上使用glmnet而不僅僅是lm。不像lm,glmnet/cv.glmnet需要model.matrix作爲x的論點，我需要抽象的公式提供給那個model.matrix這就是讓我困擾。R - 使用glmnet with purrr/tidyr

所以此工程：

library(purrr) 
library(tidyr) 
library(dplyr) 
library(glmnet) 

mod_test <- mtcars %>% 
    nest(-vs) %>% 
    mutate(cv_mod = map(data, ~ cv.glmnet(
    x = model.matrix(data = ., .$mpg ~ .$cyl * .$hp)[,-1], 
    y = .$mpg 
))) 
mod_test 
> mod_test 
# A tibble: 2 x 3 
    vs    data   cv_mod 
    <dbl>    <list>   <list> 
1  0 <tibble [18 x 10]> <S3: cv.glmnet> 
2  1 <tibble [14 x 10]> <S3: cv.glmnet>

但是當我嘗試單獨創建爲model.matrix公式，事實並非如此。

mod_form <- as.formula(".$mpg ~ .$cyl * .$hp") 

mod_test2 <- mtcars %>% 
    nest(-vs) %>% 
    mutate(cv_mod = map(data, ~ cv.glmnet(
    x = model.matrix(data = ., mod_form)[,-1], 
    y = .$mpg 
))) 
Error in mutate_impl(.data, dots) : object '.' not found

來源

2017-06-06 Nick Criswell

什麼'mod_form < - MPG〜缸* hp'？ – mt1022

@ mt1022，是的，似乎這樣做。 ''。''我有點過分了。我想這只是'y'參數需要的，因爲'model.matrix'已經獲得了'data = .'參數。隨意發佈作爲答案。 –

第一部分爲什麼Error in mutate_impl(.data, dots) : object '.' not found？如下因素是我的推理：

的as.formula參見手冊：與as.formula創建將使用ENV參數爲他們環境

公式。

當您創建mod_test：根據as.formula(object, env = parent.frame())，這將是<environment: R_GlobalEnv>。

接着，

甲式對象具有相關聯的環境，而這個環境（而不是父環境）用於通過model.frame到評估未在所提供的數據參數中找到的變量。

所以，model.matrix會尋找像data.$mpg列。實際上，這些列被稱爲mpg而不是.$mpg。然後它會在env中查找與公式R_GlobalEnv相關的.$mpg。在全球環境中沒有稱爲.的對象。因此報告了錯誤。

（糾正我，如果有的這部分是錯誤的）

二，解決方案，嘗試：

mod_form <- mpg ~ cyl * hp 
# or 
mod_form <- as.formula('mpg ~ cyl * hp')

來源

2017-06-06 13:35:47 mt1022

如果您想要公式/數據框架接口glmnet，可以使用glmnetUtils。這使得與tidyverse接口更方便一些。

install.packages("glmnetUtils") 

mod_test <- mtcars %>% 
    nest(-vs) %>% 
    mutate(cv_mod=map(data, ~ cv.glmnet(mpg ~ cyl + hp, data=.)))

來源

2017-06-06 13:21:45

R - 使用glmnet with purrr/tidyr

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