使用R中的層次聚類生成描述數據集中的聚類的熱圖

dendogram This is the heatmap I am able to generate 我想將我的數據集組成蛋白質dna交互，聚集數據並生成一個顯示結果數據的熱圖，數據看起來與排列在對角線上的簇聚類在一起。我能夠對數據進行聚類並生成數據的樹狀圖，但是當我使用R中的熱圖功能生成數據的熱圖時，羣集不可見。如果您查看前兩張圖像，我可以生成樹狀圖，第二張是我能夠生成的熱圖，第三張是集羣熱圖的一個示例，顯示了我期望的結果粗略地看。從比較第二張和第三張圖像可以看出，很顯然，第三張圖像中有簇，而第二張圖像中沒有。 Example heatmap 使用R中的層次聚類生成描述數據集中的聚類的熱圖

這裏是我的數據集的鏈接： http://pastebin.com/wQ9tYmjy

我能夠將數據集聚併產生就好在R：

args <- commandArgs(TRUE);

matrix_a <- read.table(args[1], sep='\t', header=T, row.names=1);

location <- args[2];

matrix_d <- dist(matrix_a);

hc <- hclust(matrix_d,"average");

mypng <- function(filename = "mydefault.png") {

png(filename)

}

options(device = "mypng")

plot(hc);

我也能夠產生熱圖還好，以及：

matrix_a <- read.table("Arda_list.txt.binary.matrix.txt", sep='\t', header=T, row.names=1);

mtscaled <- as.matrix(scale(matrix_a))

heatmap(mtscaled, Colv=F, scale='none')

我試圖按照帖子： http://digitheadslabnotebook.blogspot.com/2011/06/drawing-heatmaps-in-r.html 由克里斯托弗光禿，但我失去了一些東西。任何想法，將不勝感激。我附上了我得到的熱圖的圖像，以及樹狀圖。圖片3來自Christopher Bare的帖子。由於

來源

2012-08-06 Alos

因此，您可以進行集羣並生成熱圖......問題究竟是什麼？ – 2012-08-06 15:45:30

嗨保羅，當我生成的熱圖數據不聚集。我似乎能夠生成聚類數據樹，並且可以生成數據的熱圖，但是當生成熱圖時，數據不會聚類。 – Alos 2012-08-06 16:59:08

請提供一個可重現的示例，幷包括聚類的輸出和熱圖。從示例和輸出中，您需要準確地向我們展示您的期望，以及爲什麼您得到的是錯誤的。 – 2012-08-06 17:29:33

enter image description here

事實證明，我應該先使用某種相關性在我的數據生成的距離矩陣。我使用pearson在矩陣上計算了相似度值，然後將其稱爲堆映射函數，這使得更容易對數據進行聚類。一旦我能夠產生集羣，我就可以讓它們排列在對角線上。以上是現在結果的樣子。我不得不改變我在數據集上如何調用heatmap，以便將這些集羣排列在軸上：

heatmap(mtscaled, Colv=T,Rowv=T, scale='none',symm = T)

來源

2012-08-06 17:45:15 Alos

使用R中的層次聚類生成描述數據集中的聚類的熱圖

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