具有負面結果的生物信息學數據庫？

生物信息學數據庫例如BioGRID收集了來自各種出版物和實驗的不同物種中的蛋白質和基因的大量相互作用結果，但是這樣的排序規則偏離測試偏差，因爲不是所有的組合都被測試，並且一些測試不止一次。他們不應該也收集所有負面結果嗎？是否有這樣的資源系統地收集高吞吐量和低吞吐量實驗中的正面和負面相互作用？具有負面結果的生物信息學數據庫？

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2011-03-28 highBandWidth

有生物信息學相關問題的堆棧交換稱爲Biostar。谷歌「stackexchange biostar」找到它。你可能會在那裏得到更好的答案。 – nedblorf 2011-03-28 17:46:19

@nedblof，我不知道。也許這應該遷移到biostar。我不知道如何啓動遷移。 – highBandWidth 2011-03-28 18:03:50

我不確定如何遷移，也不認爲我有該操作的許可。可能最好只是剪切和粘貼你的問題。 biostar的人們在回答我的生物信息學相關問題時非常有幫助。 – nedblorf 2011-03-29 12:23:10

這些可能幫助：

http://www.jnrbm.com/info/about/

http://www.jnr-eeb.org/index.php/jnr

，到目前爲止，我知道非打者或不具約束力的藥物類化合物的數據庫中存在

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2011-04-13 17:15:56 WoA

以及一些負面結果也可能出現在這裏：http://math.rejecta.org/ – WoA 2011-04-13 17:17:00

你應該尋找'Negatome'，非相互作用蛋白質對的數據庫。

Smialowski P，帕格爾P，黃P，布勞納B，Dunger I，Fobo G，漁人G，蒙特羅C，Rattei T，漁人d，Ruepp答Negatome數據庫：參考設置非相互作用的蛋白質對。核酸研究2010 Jan; 38（Database issue）：D540-4。 Epub 2009 Nov 17。PubMed PMID：19920129; PubMed Central PMCID： PMC2808923。可用的：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19920129

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2011-05-13 13:19:30 dalloliogm

1）發表在同行評審期刊上的高通量篩選通常具有這樣的數據。塞薩里尼發表了負面結果regare域/肽相互作用。 2）你可以聯繫數據庫，如薄荷/ reactome /等等，並提到你想得到可用的負面結果。根據授權，許多此類組織需要與您共享任何此類數據，即使它不在其網站上。 3）關於這個問題的一個很好的資源是這裏http://www.nature.com/nmeth/journal/v4/n5/full/nmeth0507-377.html

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2011-10-28 06:47:04 jayunit100

我們一直在一個開源的蛋白質相互作用的元數據庫&預測服務器（不包括其它來源中來自BioGRID數據），與消極和積極的數據交易正如你所問的...

MAYETdb執行以下操作：

分類蛋白質相互作用不是「互動」或「不是我包括來自各種實驗裝置（Y2H，TAP-MS，更多）和物種（酵母，人，c.elegans）的數據（公司）。文獻挖掘和數據庫數據都是如此。 BioGRID）。
它也會產生這些分類的假陽性和假陰性錯誤。
隨機森林機器學習系統通過學習各種各樣的蛋白質特徵並以相當高的準確性（〜92％AUG）進行學習，從而對以前未經測試的相互作用進行預測。

它尚未在服務器上運行，但源代碼可用，並且大量註釋，如果你是好奇地不耐煩：https://bitbucket.org/dknightg/ppidb/src

請詢問如果您有任何疑問:)

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2013-11-23 19:50:04