R中的miRNA靶標富集

Question

是否有人知道一個包裝或功能需要一個miRNA的轉錄本ID（ENSTXXXXXXXXXX）和一個mRNA，並輸出該基因是否是該miRNA的靶標？

我看了看Bioconductor軟件包（「mirbase.db」等），但我找不到那樣做。使用計算器所以請原諒任何錯誤

感謝

Answer 1

第一次。

我剛剛研究過一個類似的問題，即將miRNA映射到基因目標，反之亦然。一種方法我發現了通過使用targetscan.Hs.eg.db（這裏假定人數據），其可以通過Bioconductor的獲得：

>biocLite('targetscan.Hs.eg.db')  
>library('org.Hs.eg.db') # required package 
>library('targetscan.Hs.eg.db') 
>get(get("SLC2A4", revmap(org.Hs.egSYMBOL)), targetscan.Hs.egTARGETS) 
[1] "miR-150/5127"                    
[2] "miR-199ab-5p"                    
[3] "miR-17/17-5p/20ab/20b-5p/93/106ab/427/518a-3p/519d"          
[4] "miR-93/93a/105/106a/291a-3p/294/295/302abcde/372/373/428/519a/520be/520acd-3p/1378/1420ac" 
[5] "miR-31" 

上面使用Gene_Symbol（有大量的方法來轉換的轉錄ID到符號）。這似乎列出了所選基因在靶掃描數據庫中發現的miRNA靶標，在這種情況下爲SLC2A4。

我目前正在試用另一種使用CellBase和Perl的方法，將會報告結果。

希望這會有所幫助。

Answer 2

您可以使用targetHub數據庫獲取使用mirna或基因標識符的目標文件http://app1.bioinformatics.mdanderson.org/tarhub/_design/basic/index.html！

雖然此方法未指定給定的miRNA基因對是否相互作用，但它提供了一種更靈活的方法來使用各種預測算法來查詢目標信息的mirna /基因。

檢查以下函數以使用targetHub中描述的任何預測方法訪問mir-gene交互數據。雖然沒有提供特定的R包，但您可以使用簡單的HTTP調用來訪問targetHub數據庫。

library(RJSONIO) # function to extract mirna (mature) target genes from targetHub using any prediction algorithm 
targetHub.byMethods <- function(mir.name, method) { 
tarhub.matmirna <- 'http://app1.bioinformatics.mdanderson.org/tarhub/_design/basic/_view/by_matureMIRmethod' 
method <- gsub("\\+", "%2B", method) 
data.link <- gsub("\\\"", "%22", paste(tarhub.matmirna, '?key=["', mir.name, '","', method ,'"]&include_docs=true', sep='')) 
json.data <- paste(readLines(data.link), collapse='') #get data from targetHub 
target_data <- fromJSON(json.data) #convert json formatted data to list 
target_Info <- NA 
if(is.list(target_data) & (length(target_data$rows) > 0)) { 
     target_data <- target_data$rows 
     target_Info <- matrix(nrow = length(target_data), ncol = 3) 
     colnames(target_Info) <- c("Gene_Symbol", "Gene_EntrezID", "miRNA") 
     for(i in 1:length(target_data)) { 
      target_Info[i,1] = target_data[[i]]$doc$Gene_Symbol 
      target_Info[i,2] = target_data[[i]]$doc$Gene_EntrezID 
      target_Info[i,3] = target_data[[i]]$doc$miRNA 
     }  
    } 
    target_Info 
} 

#usage 
miRandaTargets <- targetHub.byMethods("hsa-miR-200c-3p", "targetscan") 
targetscanTargets <- targetHub.byMethods("hsa-miR-200c-3p", "miranda") 
miRanda_targetscan_Targets <- targetHub.byMethods("hsa-miR-200c-3p", "miranda+targetscan") 

要自定義輸出，可以在以下鏈接中檢查targetHub API。 http://app1.bioinformatics.mdanderson.org/tarhub/_design/basic/api.html！