將GNU並行與嵌套for循環和多個變量結合起來

Question

我在destdir中有n個文件夾。每個文件夾包含兩個文件：* R1.fastq和* R2.fastq。使用這個腳本，它將逐個完成作業（bowtie2）並在destdir中輸出{子文件夾的名稱} .sam。

#!/bin/bash 

mm9_index="/Users/bowtie2-2.2.6/indexes/mm9/mm9" 
destdir=/Users/Desktop/test/outdir/ 

for f in $destdir/* 
do 
fbase=$(basename "$f") 
echo "Sample $fbase" 
bowtie2 -p 4 -x $mm9_index -X 2000 \ 
-1 "$f"/*R1.fastq \ 
-2 "$f"/*R2.fastq \ 
-S $destdir/${fbase}.sam 
done 

我想用GNU工具平行於加快這，你能幫忙嗎？謝謝。

Answer 1

使用bash函數：

#!/bin/bash 

my_bowtie() { 
    mm9_index="/Users/bowtie2-2.2.6/indexes/mm9/mm9" 
    destdir=/Users/Desktop/test/outdir/ 
    f="$1" 
    fbase=$(basename "$f") 
    echo "Sample $fbase" 
    bowtie2 -p 4 -x $mm9_index -X 2000 \ 
    -1 "$f"/*R1.fastq \ 
    -2 "$f"/*R2.fastq \ 
    -S $destdir/${fbase}.sam 
} 
export -f my_bowtie 
parallel my_bowtie ::: $destdir/* 

有關詳細信息：man parallel或http://www.gnu.org/software/parallel/man.html#EXAMPLE:-Calling-Bash-functions

Answer 2

簡單地說，你可以通常只是把echo你的命令的前部和發送命令的列表，你會按順序執行，以GNU Parallel，並行執行，就像這樣：

for f in ...; do 
    echo bowtie2 -p 4 .... 
done | parallel