使用以下命令從2D索引列表（x，y，z）增加3D數組的計數器：Python Numpy Slice

我想從事件的二維數組（x，y，t）中增加計數器的3D矩陣（nparray）下面代碼工作：使用以下命令從2D索引列表（x，y，z）增加3D數組的計數器：Python Numpy Slice

TOF_cube=np.zeros((324,324,4095),np.int32) #initialise a 3d array for whole data set 

data = np.fromfile(f, dtype='<i2', count=no_I16) #read all events, x,y,t as 1D array 
data=data.reshape(events,cols) 
xpos=data[:,0] 
ypos=data[:,1] 
tpos=data[:,2] 
i=0 
while i < events:    
    TOF_cube[xpos[i],ypos[i],tpos[i]] += 1 
    i+=1

要使用切片和索引我代替我while循環與

TOF_cube[xpos,ypos,tpos] += 1

但是，而不是（通過while循環和獨立檢查）複製正確的4365520號事件我只記錄了4365197.

爲什麼切片方法會丟失事件？

我在while循環中使用完全相同的切片，並作爲索引的'參數'。

來源

2017-08-16 poolz50

什麼'TOF_cube.max（）'爲每個方法是什麼？ –

+=如果存在重複索引，則不會添加兩次。

要獲得一個量化的方式輸出相同，你需要np.add.at：

np.add.at(TOF_cube, [xpos, ypos, tpos], 1)

來源

2017-08-16 10:49:21

謝謝！這是問題所在，謝謝！我很驚訝， 'np.add.at（TOF_cube，[xpos，ypos，tpos]，1）。' 似乎比+ =版本慢很多。（我知道我錯過了一些事件，但很少）。有人會認爲'+ ='必須做一個'IF duplicated：ignore'檢查'np.add'剛剛循環的地方。有什麼想法嗎？謝謝 D – poolz50

'+ ='構造不像'np.add.at'那樣是連續的，它是一個並行（線程）調用來增加一組內存位置。這就是爲什麼它只能一次增加任何內容（並通過'set'來運行位置以確保沒有重複），否則這些單獨的線程可能會鎖定，因爲兩個嘗試同時增加同一位內存。 –

也不要忘了標記檢查，如果答案是你在找什麼。 –

-1

由於我們不確切地知道您的數據是什麼樣子，很難猜出實際問題。如果這沒有幫助，請給出一個例子，我們可以運行ourselvs（即沒有文件f）。

假設你有x_pos = [1,1,2,3,5]

a = np.zeros(10) 
for i in range(len(x_pos)): 
    a[x_pos[i]]+=1 
# gives a = array([ 0., 2., 1., 1., 0., 1., 0., 0., 0., 0.])

然而，其他代碼

a[x_pos]+=1 
# gives a = array([ 0., 1., 1., 1., 0., 1., 0., 0., 0., 0.])

因此，如果指標之一出現兩次，只在短版更新一次。檢查這是否在你的xpos等實際情況下。

PS：我做了一個稍微簡單的版本，只有一個維度，但規則保持不變。

來源

2017-08-16 10:45:01

你已經確切地確定了這個問題，謝謝！完全修復建議 'np.add.at（TOF_cube，[xpos，ypos，tpos]，1）' – poolz50

使用以下命令從2D索引列表（x，y，z）增加3D數組的計數器：Python Numpy Slice

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