將netCDF文件導入熊貓數據框

Question

聖誕快樂。我仍然對Python和熊貓非常新，所以幫助表示讚賞。
我想讀取一個netCDF文件，我可以做，然後將其導入熊貓數據框。 netcDF文件是2D的，所以我只是想'轉儲它'。我嘗試過DataFrame方法，但它不能識別該對象。據推測我需要將netCDF對象轉換爲2D numpy數組？再次感謝任何想法，以最好的方式來做到這一點。 最好的祝願 傑森

Answer 1

你可以使用像PyNIO這樣的庫來將你的文件讀入p.e. numpy數組並將它們提供給熊貓。
PyNIO允許讀取幾種文件格式，包括傳統的netCDF3和netCDF4。
netcdf4-python也可以讀取這些的netCDF格式，併兼容py3.3

Answer 2

如果netCDF文件（或OPeNDAP數據集）如下CF元數據規範，你可以通過使用NetCDF4-Python package，這使得熊貓訪問它們真正利用這些優勢簡單。 （我使用Enthought Python Distribution，包括Pandas和NetCDF4-Python）。

在下面的示例中，NetCDF文件通過OPeNDAP提供，而NetCDF4-Python庫允許您打開並使用遠程OPeNDAP數據集，就好像它是本地NetCDF文件一樣，非常光滑。如果你想看到NetCDF4文件的屬性，這個鏈接指向你的瀏覽器http://geoport-dev.whoi.edu/thredds/dodsC/HUDSON_SVALLEY/5951adc-a1h.nc.html

你應該能夠在不改變運行此：

from matplotlib import pyplot as plt 
import pandas as pd 
import netCDF4 

url='http://geoport-dev.whoi.edu/thredds/dodsC/HUDSON_SVALLEY/5951adc-a1h.nc' 
vname = 'Tx_1211' 
station = 0 

nc = netCDF4.Dataset(url) 
h = nc.variables[vname] 
times = nc.variables['time'] 
jd = netCDF4.num2date(times[:],times.units) 
hs = pd.Series(h[:,station],index=jd) 

fig = plt.figure(figsize=(12,4)) 
ax = fig.add_subplot(111) 
hs.plot(ax=ax,title='%s at %s' % (h.long_name,nc.id)) 
ax.set_ylabel(h.units) 

的結果可以在這裏看到在IPython的筆記本： http://nbviewer.ipython.org/4615153/

Answer 3

xarray庫處理任意維度的netCDF數據，並保留元數據。 Xarray提供開放的netCDF文件，並將其轉換爲大熊貓dataframes的簡單方法：

import xarray as xr 

ds = xr.open_dataset('/path/to/netcdf') 
df = ds.to_dataframe() 

這將創建一個數據幀具有多指標與所有在它的尺寸。不幸的是，Pandas不支持任意的元數據，所以在轉換中會丟失，但你可以保留ds，並使用它的元數據。