[R Bioconductor的MZR庫加載錯誤

希望有人能幫助我..我試圖安裝mzmatch.R包代謝組學，這裏的操作說明：http://mzmatch.sourceforge.net/tutorial.mzmatch.r.php [R Bioconductor的MZR庫加載錯誤

我完全新的與R，所以這是我第一次做這種事情。首先，我下載了最新版本的R並將其安裝在Mac OSX 10.7上。這是我運行的R的版本： R 2.15.0 GUI 1.51 Leopard build 64位（6148）

然後，我啓動了R64.app並鍵入以下命令（如鏈接中的說明上面）安裝包及其所有依賴項。

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
> biocLite(c("faahKO", "xcms", "multtest")) 
> install.packages(c("rJava","XML","snow","caTools","bitops","ptw")) 
> source ("http://puma.ibls.gla.ac.uk/mzmatch.R/install_mzmatch.R")

最後一步總是會失敗，出現以下消息：

trying URL 'http://puma.ibls.gla.ac.uk/mzmatch.R/mzmatch.R.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 104535 bytes (102 Kb) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 102 Kb 

* installing *source* package ‘mzmatch.R’ ... 
** R 
** preparing package for lazy loading 
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'mzR', details: 
    call: value[[3L]](cond) 
    error: failed to load module Ramp from package mzR 
could not find function "errorOccured" 
Error : package ‘mzR’ could not be loaded 
ERROR: lazy loading failed for package ‘mzmatch.R’ 
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/mzmatch.R’ 
Warning message: 
In install.packages(pkgs = "mzmatch.R.tar.gz", repos = NULL, type = "source") : 
    installation of package ‘mzmatch.R.tar.gz’ had non-zero exit status

我以爲這是因爲圖書館「MZR」無法加載，所以我嘗試：

> biocLite("mzR") 
> library("mzR")

果然，出現同樣的錯誤：

Loading required package: Rcpp 
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'mzR', details: 
    call: value[[3L]](cond) 
    error: failed to load module Ramp from package mzR 
could not find function "errorOccured" 
Error: package/namespace load failed for ‘mzR’

我現在很迷茫，不知道該怎麼辦。謝謝閱讀！

來源

2012-06-24 x112341

如果您嘗試「library（xcms）」，然後選擇「source（'http://puma.ibls.gla.ac.uk/mzmatch.R/install_mzmatch.R'）」，它有幫助嗎？ – neilfws

驗證'sessionInfo（）'的輸出（隱含地確保你使用的是當前R）並詢問[Bioconductor郵件列表]（http://bioconductor.org/help/mailing-list/），cc （來自[Bioc mzR登陸頁面]（http://bioconductor.org/packages/2.10/bioc/html/mzR.html））的軟件包維護者可能會得到一些幫助。 –

假設您正在運行mzR v1.2.1和Rcpp v0.9.12，您看到的問題是兩者之間不幸和意外的不兼容。同時，降級到Rcpp_0.9.10.zip將解決此問題。希望儘快做出適當的修復。

洛朗

UDAPE：的問題是編譯器/連接錯誤的結果，需要一個新的MZR建設，這是目前可通過biocLite。

來源

2012-06-26 16:45:25 Laurent

感謝您查看此內容，並在此處進行更新。 –

感謝您的幫助！ – Laurent

[R Bioconductor的MZR庫加載錯誤

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