使用原子座標的python NetworkX

我很難搞清楚如何使用python NetworkX軟件包來使用分子動力學模擬中的原子座標來生成圖。理想情況下，如果我可以「交出」原子座標並得到一個圖表，其中節點是原子和邊緣是最近的鄰居，那將會很好。我也需要生成最短路徑環。一種解決方案可能是使用Scipy.spatial.KDTree模塊獲取最近的鄰居，並手動插入來自這些結果的節點和邊緣。有沒有人有其他想法？使用原子座標的python NetworkX

感謝您的幫助！

-SB

來源

2013-07-20 S_B

如果你仍然在尋找這個，我寫了一個python腳本，它完全符合你的要求：從原子座標算起的最短路徑環。

http://sourceforge.net/projects/polypy/

我工作的一個C++版本。

來源

2013-11-04 12:53:34 jaap

你的主意，用scipy.spatial.KDTree聽起來不錯。看看這個例子，這應該讓你在那裏找到最大的方式：NetworkX Random Geometric Graph Implementation using K-D Trees

來源

2013-07-21 18:54:29 Aric

感謝您指引我正確的方向，讓我開始。使用NetworkX執行封閉浴圈統計的任何幫助？ –

谷歌說'沒有結果「封閉浴環統計」'... – Aric

使用原子座標的python NetworkX

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