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是的,ProDy可以完成這項工作。
如果您喜歡使用「only」Python,請檢查PyMOL(http://www.pymol.org/) 以顯示蛋白質和分子結構。
如果你想運行模擬,然後GROMACS包分子動力學模擬將是我的選擇,但它寫入(主要是)在C
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