如何在PDB.BIO中爲蛋白質原子做Superimposer後寫回PDB文件python

我從PDB文件中讀取並提取原子信息，並做了Superimposer()以將突變與野生型進行比對。我如何將原子的對齊值寫回PDB文件？我試圖使用PDBIO()庫，但它不工作，因爲它不接受列表作爲輸入。任何人有一個想法如何做到這一點？如何在PDB.BIO中爲蛋白質原子做Superimposer後寫回PDB文件python

mutantAtoms = [] 
mutantStructure = PDBParser().get_structure("name",pdbFile) 
mutantChain = mutStructure[0]["B"] 

# Extract information of atoms 
for residues in mutantChain: 
    mutantAtoms.append(residues) 

# Do alignment 
si =Superimposer() 
si.set_atoms(wildtypeAtoms, mutantAtoms) 
si.apply(mutantAtoms)

現在mutantAtoms是與野生型原子對齊的原子。我需要將這些信息寫入PDB文件。我的問題是如何從對齊的原子列表轉換爲結構，並使用PDBIO()或其他方式寫入PDB文件。

來源

2015-04-16 zuhakasa

正如我在例子中看到的PDBIOpackage documentation在Biopython文檔：

p = PDBParser() 
s = p.get_structure("1fat", "1fat.pdb") 
io = PDBIO() 
io.set_structure(s) 
io.save("out.pdb")

好像PDBIO模塊需要Structure類的一個對象來工作，這在原則上是我的理解Superimposer作品用。當你說它不接受一個列表，你的意思是你有一個結構列表？在這種情況下，你可以簡單地通過循環throught結構爲做到這一點：

for s in my_results_list: 
    io.set_structure(s) 
    io.save("out.pdb")

如果你有什麼是原子的名單，我想你可以創建一個Structure對象，然後把它傳遞給PDBIO。

然而，很難說更不知道更多關於你的問題。你可以把你的問題放在你遇到問題的代碼行上。

編輯：現在我更好地理解你想要做什麼。所以，我已經看到了關於Structure類，這是一個稍微複雜一些顯然是有趣Biopython Structural Bioinformatics FAQ一些信息。乍一看，我沒有看到一個很簡單的方法來從頭開始創建Structure對象，但你可以做的是從PDBIO修改你的結構代替你從Superimposer得到，然後使用寫.pdb文件結果的原子列表相同的修改結構。所以，你可以嘗試把你的mutantAtoms列表到你已經有了mutantStructure對象。

來源

2015-04-16 12:20:22 cnluzon

嗨cnluzon，我更新了我的問題。我有一個對齊的原子列表，我不知道如何創建一個Structure對象，正如您告訴將它傳遞給PDBIO一樣。如果我想創建一個Structure對象，我需要從一個PDB文件中調用get_structure API，但是我沒有任何PDB文件可以調用（除了原來的那個）。感謝您的回答。 – zuhakasa

我已經用一些額外的信息擴展了我的答案。我希望這有一些幫助。 – cnluzon

如何在PDB.BIO中爲蛋白質原子做Superimposer後寫回PDB文件python

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