從蛋白質數據庫中提取高度相似的蛋白質

Question

如何從PDB數據庫中獲得高度相似的結構？

可以說98％或更高的序列相似結構？

Answer 1

如果您有特定的蛋白質，您應該首先創建一個同源模型來搜索數據庫中的相似蛋白質。這樣做後，您可以應用更嚴格的標準來獲得高度相似的結果。看看瑞士模特做到這一點。 http://swissmodel.expasy.org/

Answer 2

您可以對您的序列進行BLAST搜索（http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi），將Protein Data Bank指定爲您要搜索的數據庫。