將Pill PED文件中的缺失值（-9）轉換爲R時讀入R

我有兩個文件：pedigree.ped和pedigree.map。這兩種文件格式可以使用Plink。將Pill PED文件中的缺失值（-9）轉換爲R時讀入R

在我的情況下，我想用它們與R，我想我必須做一個轉換爲R格式。例如：Plink中的缺失值與R中的缺失值不同。

如何將這兩個文件轉換爲在R中使用它們？我如何將缺失的值更改爲NA？

樣品我的數據：

PED文件：

1 1 0 0 1.02 A A G G 0 0 
1 2 0 0 0.51 T G C C A A 
2 3 1 2 -9 0 0 A G T T 
...

第一列是id_family，第二的id_individual，第三和第四是父親和id_individual的母親，第五個是數量性狀（-9：缺失值），其餘列是基因型（SNP等位基因）。列的缺失值爲0，數量特徵爲-9。

地圖文件：

1 rs1 0 100000 
1 rs2 0 100100 
1 rs3 0 100200

第一列是id染色體（1-22，X，Y或0，如果未放置），第二RS＃或SNP標識符，第三遺傳距離（莫根），以及第四是鹼基對位置（BP單位）

來源

2013-04-06 Hocine Ben

一些樣本數據將有助於... – vaettchen 2013-04-06 12:25:06

假設你成功地讀取文件成R data.frame，您可以檢查缺少值並分配NA。 – Nishanth 2013-04-06 13:35:37

我該怎麼做？你能舉個例子嗎？ – 2013-04-06 13:43:13

假設在PED文件中的數據被讀入的R數據幀 -

> my.dataframe 
    V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 V10 V11 
1 1 1 0 0 1.02 A A G G 0 0 
2 1 2 0 0 0.51 T G C C A A 
3 2 3 1 2 -9.00 0 0 A G T T

現在ç heck爲無效/每列丟失值&指定NA。對於前者，取第5列 -

my.dataframe[my.dataframe[,5] == -9, 5] <- NA 
> my.dataframe 
    V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 V10 V11 
1 1 1 0 0 1.02 A A G G 0 0 
2 1 2 0 0 0.51 T G C C A A 
3 2 3 1 2 NA 0 0 A G T T

類似地將NA分配給所需的條目。

注意：R函數以特殊方式對待NAs。看看各自的函數參數。一些相關的關鍵字，以觀察 - na.rm，na.pass，na.fail，na.omit等

來源

2013-04-06 15:36:36 Nishanth

定義NA PED讀取文件時爲R，值如：

read.table(text = " 
1 1 0 0 1.02 A A G G 0 0 
1 2 0 0 0.51 T G C C A A 
2 3 1 2 -9 0 0 A G T T", 
      na.strings = c("NA", "-9"), sep = "\t") 

# result 
# V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 
# 1 1 1 0 0 1.02 A A G G 0 0 
# 2 1 2 0 0 0.51 T G C C A A 
# 3 2 3 1 2 NA 0 0 A G T T

此外，使用plink時使用--tab選項，所以列的分隔符是選項卡和基因型之間的空間是空間。

--tab劃分界限標籤--recode和--recode12

來源

2016-04-25 12:10:18 zx8754

將Pill PED文件中的缺失值（-9）轉換爲R時讀入R

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