Biopython翻譯腳本不工作？

Question

我是新來的Biopython，我只是想翻譯DNA Fasta文件並將輸出寫入新文件。我認爲這很容易，但我無法使腳本正常工作。
這裏是我的嘗試：

#!/usr/bin/env python 
import sys 
from Bio.Seq import Seq 
from Bio.Alphabet import IUPAC 

in = open(sys.argv[1],'r') 
out = open(sys.argv[2],'w') 

messenger_rna = Seq(in, IUPAC.unambiguous_rna) 
out = messenger_rna.translate() 

out.close() 
in.close() 

任何人都知道我做錯了嗎？

Answer 1

雖然我不知道這是什麼所有這biopython等，我很確定你對待文件錯誤。

特別

out = open(sys.argv[2],'w') 
out = messenger_rna.translate() 
out.close() 

看來我錯了。

更換中間線與

out.write(messenger_rna.translate()) 

如果這是一個字符串什麼.translate()回報。

進一步優化版本：

#!/usr/bin/env python 

import sys 
from Bio.Seq import Seq 
from Bio.Alphabet import IUPAC 

with open(sys.argv[1],'r') as infile: # for auto-closing 
    messenger_rna = Seq(infile, IUPAC.unambiguous_rna) 
    # if Seq() takes a string rather than a file, do infile.read() instead. 

with open(sys.argv[2],'w') as outfile: 
    outfile.write(messenger_rna.translate())