使用biomaRt註釋位置

Question

我有一些基因組位置，我想用biomaRt R軟件包根據Ensembl註釋這些位置（找到Ensembl基因ID，外顯子，內含子等特徵）。我的數據

chr  start  stop  strand 
chr10 100572320 100572373   - 
chr10 100572649 100572658   + 

Answer 1

的

部分準備你的數據查詢biomaRt

樣本數據

data = data.frame(chr = "chr17", start = 63973115, end = 64437414) 
data$query = paste(gsub("chr",'',data$chr),data$start,data$end, sep = ":") 

#> data 
# chr start  end    query 
#1 chr17 63973115 64437414 17:63973115:64437414 

然後使用biomaRt

library(biomaRt) 

# select your dataset of interest accordingly. 
# I have used human specific dataset identifier 
# you can see all available datasets using listDatasets(mart), 
# after setting your mart of interest 

mart = useMart(
     'ENSEMBL_MART_ENSEMBL', 
      host = 'ensembl.org', 
      dataset = 'hsapiens_gene_ensembl') 

# do listAttributes(mart) to list all information you can extract using biomaRt 

out = getBM(
     attributes = c('ensembl_gene_id', 'external_gene_name', 'gene_biotype', 
         'ensembl_transcript_id', 'ensembl_exon_id'), 
     filters = 'chromosomal_region', 
     values = data$query, 
     mart = mart) 

這會給你的ensembl用於指定基因組位置中的基因，轉錄本和外顯子。 biomaRt提供更多信息，所以不要忘記使用listAttributes()找出所有。