cytoscape

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我想使用networkx爲圖形生成佈局。是否可以將此佈局轉移到cytoscape並在那裏繪製？我試圖簡單地寫出一個圖表 import networkx as nx G = nx.Graph() G.add_edge(0,1,weight=.1) G.add_edge(2,1,weight=.2) nx.write_gml(G,'g.gml') nx.write_graphml(G,'g.

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內存問題，使用大型社交網絡的可視化R和Cytoscape的

我是比較新的R和正在試圖解決以下問題：我在Windows 7企業版平臺上工作與R的32位版本並且在我的機器上有大約3GB的RAM。我有大規模的社交網絡數據（約7,000個頂點和約30,000個邊），它們當前存儲在我的SQL數據庫中的爲。我設法將這個數據（省略了頂點和邊的屬性）放入一個R數據幀中，然後把這個數據寫入一個igraph對象中。爲了進一步分析和可視化，我現在想使用RCytoscap

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R和cytoscape導入網絡

我嘗試使用RCytoscape包將網絡從R導出到cytoscape。我試圖按照文檔butfailed。以下是 - 稠的命令： data(liver.toxicity) X <- liver.toxicity$gene Y <- liver.toxicity$clinic toxicity.spls <- spls(X, Y, ncomp = 3, keepX = c(50, 50, 50

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如何使用LXML編寫名稱空間元素屬性？

我使用lxml（2.2.8）來創建和寫出一些XML（特別是XGMML）。該app將要閱讀它顯然是相當fussy並希望看到一個頂層元素有： <graph label="Test" xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:xlink="h ttp://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:rdf="http://www.

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用於Cytoscape的XMLSerializer字符串（jQuery）

我使用Cytoscape Web生成基因圖。它需要字符串來繪製，我有XGMML文件，所以我使用JQuery獲取XGMML文件並將它們轉換爲字符串。這裏是我的codepiece： $.get("ENSG00000148606.xgmml", function(data) { if (typeof data !== "string") { if (window.ActiveXO

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如何篩選報價Cytoscape的網絡

我試圖在節點的屬性之一來使用引用的文本： var network_json = { dataSchema: { nodes: [ { name: "label", type: "string" }, { name: "foo", type: "string" } ] }, data: { nodes: [ { id:

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在Windows中設置Eclipse以進行Cytoscape插件開發

讓我開始說我不是一個非常有經驗的程序員，如果您可以完全指定您可能會忽略的任何步驟，將會非常感激。我目前在插件開發的Cytoscape的最初階段，我已經在Eclipse中創建一個Java項目，並做了以下我加入cytoscape.jar爲外部庫我已經加入：在參數標籤「-pç\ Program Files文件\ Cytoscape_v2.8.1 \插件」下的「程序參數」當我嘗試運行插件它加