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PBS保持放棄我的工作

我請求14個處理器從一個一個（每個都有32）所示： #PBS -l nodes=1:ppn=14 #PBS -l walltime=12:00:00 而且具有較低的ppn它幾乎總是工作，但一旦我的數字高於14- ish，工作開始執行並立即終止。 tracejob是奇無益： tracejob 14753.hpc2 Job: 14753.hpc2 01/21/2017 11:12:36

cluster-computing job-scheduling hpc pbs numa 2017-01-21

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使用qmgr列出具有給定屬性的所有節點

我們使用的是轉矩PBS，我們必須使用qmgr更新許多節點的參數。 對於每個正在討論的節點，手動調用類似'set node n44 properties- = unneeded_pa​​ram'的方法。 現在，我該如何列出具有指定屬性的所有節點？

grid cluster-computing pbs torque 2017-05-25

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轉矩作業依賴於作業數組

我正在嘗試提交依賴於數組完成的轉矩作業。 FIRST=`qsub -q hep -t 1-5 foo.sh` qsub -q hep -W depend=afterok:$FIRST bar.sh 第一份工作陣列提交併完成得很好，但第二個作業bar.sh只抱下去。 如果我從第一個參數中刪除數組選項，第二個作業將按計劃成功，但這並不能真正解決問題。 有從3年前類似的線程，但它似乎沒有實際的解決方案：

cluster-computing batch-processing pbs qsub torque 2016-11-07

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通過命令行參數在腳本中設置PBS /扭矩/ qsub參數

我希望能夠通過腳本輕鬆更改多少個nodes,ppn等提交給qsub。也就是說，我想運行的財產以後這樣的： qsub script.sh --name=test_job --nodes=2 --ppn=2 --arg1=2 有了這樣的腳本如下： #/bin/bash #PBS -N ${NAME} #PBS -l nodes=${NODES}:ppn=${PPN},walltime=${WA

bash pbs qsub torque 2017-02-17

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如何分析服務器和工作節點的pbs_server，pbs_mom日誌條目

如何分析這些日誌條目，我想了解這些日誌條目的格式是什麼？ 1) PBS_Server;LOG_ERROR::Cannot assign requested address (99) in send_job, send_job failed to d23818f7 port 15002 2) pbs_mom;LOG_ALERT::mom_server_valid_message_source, ba

pbs torque 2016-09-29

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在基於Linux的羣集上調用Matlab：matlab會話在m文件完全執行之前停止

我正在運行一個bash腳本，它在基於Linux的羣集上多次提交一些pbs作業。每個提交調用Matlab，讀取一些數據，執行計算，並將結果寫回到我的目錄。 這個過程沒有任何例外地正常工作。對於一些計算，m文件開始加載所有內容，而不是執行計算，但在將結果打印到標準輸出時，Job終止。 pbs的日誌文件顯示無錯誤消息，matlab顯示無錯誤消息。代碼在我的電腦上完美運行。我沒有想法。 如果有人想知道我能

linux bash matlab pbs 2016-09-29

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如何在Cray XE6計算節點上使用GNU並行（bash腳本）和aprun命令（Unix就像env）？

我想在mpi4py python腳本上運行16個實例：hello.py。我存儲在這種s.txt 16個命令： python /lustre/4_mpi4py/hello.py > 01.out 我在克雷集羣通過這樣aprun命令提交此： aprun -n 32 sh -c 'parallel -j 8 :::: s.txt' 我的目的是運行那些每蟒蛇工作8該腳本運行超過3小時，並且沒有創建

bash parallel-processing gnu pbs cray 2017-04-20

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如何從節點收集處理過的信息SLURM/PBS

我是新來的並行計算，我無法理解PBS系統的使用。我已成功安裝SLURM並設置處理節點。但無法理解我如何在多個節點之間分配任務。 有很多簡單的例子，但他們只是運行簡單的「Hello World」程序，這就是全部。 考慮下面的例子，我在網上找到了。 #!/bin/bash #SBATCH -N 4 #SBATCH -c 1 #SBATCH --time=0-00:15:00 # 30 minu

multithreading parallel-processing distributed-computing pbs slurm 2017-04-22

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當使用qsub提交作業時，如何包含我的本地安裝的Python包？

我在超級計算羣集上有一個帳戶，我在其中安裝了一些軟件包。 「pip安裝 - 用戶keras」。 當使用qsub將作業提交到隊列時，我嘗試通過設置「export PYTHONPATH = $ PYTHONPATH：[$ HOME] /。local/lib/python2.7/site來確保系統可以看到我的本地包 - 包裝/角落「。 但是，生成的日誌文件仍然抱怨沒有名爲keras的包。我怎樣才能確保系

python cluster-computing pbs qsub supercomputers 2017-01-17

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如何將PBSPRO作業存儲在數組中並檢查作業是否完成？

我試圖生成一個系統，允許我檢查多個作業是否已完成在羣集上運行。 此bash的代碼應工作要等到所有的PBS的工作已經完成： #create the array ALLMYJOBS=() # loop through scripts, submit them and store the job IDs in the array for i in 1 2 3 4 5 do ALLMYJO

hpc pbs qsub 2016-12-05

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