Biopython：通過蛋白質登錄獲取XML文件

Question

我有一個完整的Uniprot ID文件。 現在我正在尋找一種方法來下載每個ID的整個XML條目。

Answer 1

首先，您爲每個UniProt ID構建一個URL以檢索蛋白質的XML定義。

uniprot_id = 'P12345' 
url = 'http://www.uniprot.org/uniprot/'+uniprot_id+'.xml' 

可以構造網址通過改變字符串即「txt文件，.fasta，.RDF」的端部，以檢索不同的數據格式。這link給出了有關uniprot訪問模式的更多具體細節。

接下來你打開url並使用BioPython解析輸出。或者，您可以將XML字符串保存到磁盤。

import urllib2 
from Bio import SeqIO 

uniprot_id = 'P12345' 
url = 'http://www.uniprot.org/uniprot/'+uniprot_id+'.xml' 
s = urllib2.urlopen(url) 
contents = s.read() 

record = SeqIO.read(contents, 'uniprot-xml')