2015-06-16 50 views
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我使用R中的igraph來計算圖的度量,我的圖形在一個未連接圖的PIN和斷開連接的圖中進行。 連通圖的親密度法很好且正確計算,並且對於斷開圖不好!igraph - 如何計算密切方法在iGraph中斷開圖

library(igraph) 
# Create of Graph Matrix for Test Closeness Centrality 
g <- read.table(text="A B 
    1 2 
    2 4 
    3 4 
    3 5", header=TRUE) 
gadj <- get.adjacency(graph.edgelist(as.matrix(g), directed=FALSE)) 
igObject <- graph.adjacency(gadj) # convert adjacency matrix to igraph object 
gCloseness <- closeness(igObject,weights = NULL) # Assign Closeness to Variable for print 

輸出:

[1] 0.1000000 0.1428571 0.1428571 0.1666667 0.1000000

我的斷開的圖:

library(igraph) 
# Create of Graph Matrix for Test Closeness Centrality 
g <- read.table(text="A B 
1 2 
3 4 
3 5", header=TRUE) 
gadj <- get.adjacency(graph.edgelist(as.matrix(g), directed=FALSE)) 
igObject <- graph.adjacency(gadj) # convert adjacency matrix to igraph object 
gCloseness <- closeness(igObject,weights = NULL) # Assign Closeness to Variable for print 

輸出:

[1] 0.06250000 0.06250000 0.08333333 0.07692308 0.07692308

該輸出是對嗎?如果正確如何計算?

回答

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請閱讀closeness函數的documentation;它明確規定的igraph對待如何斷開圖:

如果頂點vi之間則公式代替的路徑長度中使用頂點的總數無(有向)路徑。

計算則似乎是對我來說是正確的,但我要說的是,接近中心本身並沒有斷開連接的圖形定義良好的,什麼的igraph這裏使用更是一個黑客的(儘管一個相當標準的黑客)而不是對問題的嚴格處理。我會避免在斷開的圖上使用接近中心性。

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謝謝。我有一個PIN碼的工作,是否可能的PIN碼網絡被斷開?我想用圖表分析一個PIN碼網絡,你有什麼建議? –

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如果可能的話,在斷開連接圖中編寫一個示例計算示例。 TNX。 –