2013-02-22 53 views
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我在R中使用順序包中的clmm函數,以便將累積混合模型適用於我的數據。它運行良好,直到我試圖獲得預測概率。通過指定se.fit = TRUE和interval = TRUE,我無法獲得SE或置信區間。它看起來像這樣:使用順序包中的clmm2無法獲得se.fit和置信區間

mod1<-clmm2(response~X0+X1+X2+X3+X4+X5+X7+X0*X2*X3+X2*X3*X4+X0:X4, random=X6, 
         data=df,link ="logistic", threshold ="flexible", 
         Hess=TRUE, nAGQ=7) 

正如你可以看到那裏有一堆交互(所有重要的)。我試圖爲我的問題創建一個虛擬數據集以便重現,但clmm無法實現與更簡單數據集的收斂。我把包中包含的序號紅酒數據集,並做了一些改變用式模仿我自己的(我不認爲這有什麼意義雖然):

library(ordinal) 
data(wine) 
fm1 <- clmm2(rating ~ temp + contact+bottle+temp:contact:bottle+temp:contact+ temp:bottle+bottle:contact,random=judge, data=wine,link ="logistic", threshold ="flexible", 
     Hess=TRUE, nAGQ=7) 

head(do.call("cbind", predict(fm1, se.fit=TRUE, interval=TRUE))) 

然後我得到這個錯誤:

Error in head(do.call("cbind", predict(fm1, se.fit = TRUE, interval = TRUE))) : 
error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'head' : Erreur dans do.call("cbind", predict(fm1, se.fit = TRUE, interval = TRUE)) : second argument must be a list 

我的猜測是,預測甚至不會計算SE和IC在這種情況下。有人知道爲什麼嗎?無論如何要獲得這些價值?

非常感謝!

回答

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clmm2對象的預測方法不提供std-errors。請參閱其幫助頁面。這與處理混合效應模型時R包作者的慣例保持一致。

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謝謝我不知道! – Lyly 2013-02-22 22:58:23

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