解析pdb支持向量機

Question

我正在使用python進行SVM（支持向量機）。

我的輸入是pdb文件。我已經看過一些數據集的例子。但是，在我的情況下，我想解析protien（.pdb文件）的3d結構。

如何從pdb獲取svm？

Answer 1

SVMa設計用於與號碼一起使用。蛋白質3d結構遠非如此。有幾個可能的選項：

• 創建某種固定長度，數值表示的，這就是所謂的fingerpint的化學信息，包括幾十個現有的方法，即。 KlekotaFP; PubChemFP，subFP等
• 使用爲這樣的結構開發的custrom內核（如標記圖），一個這樣的內核是cheminformatics的圖內核，即。那些包含在chemcpp