Bowtie和Sam格式對齊文件的轉換

Question

我需要我的對齊文件都是bowtie和samtools格式，以便我可以在稍後的管道中將它們送入不同的程序。有什麼方法可以將sam對齊文件轉換爲bowtie對齊文件，反之亦然？

另一種方法是做兩次對齊，並讓領結程序以不同的格式輸出它。但是，這浪費了太多時間。

Answer 1

我不知道具體的方法，但是我會從bowtie獲取SAM，然後轉換爲bowtie格式，因爲SAM擁有所有信息。你可以用簡單的命令linux用awk來完成它。