ExpressionSet子集化

Question

我有一個ExpressionSet對象，我想子集。例如，

> str(ESet) 
Formal class 'ExpressionSet' [package "Biobase"] .. 
    ..@ assayData  :..   
    ..@ phenoData  : 
    .. .. .. ..$ STATUS : num [1:210] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... 
    .... 

我想提取一個子集，其中STATUS==0。我試過了：

exprs(ESet@phenoData$STATUS==0) 

但它不起作用。

Answer 1

你快到了。在你的數據結構的猜測，我覺得有以下應該工作：

exprs(ESet)[ESet@phenoData$STATUS==0,] 

如果你看看這個paper，有很多因應變和時間分設定數據的例子。我應該承認我是本文的作者。