pdb蛋白庫格式 - 配體去除

Question

我想從PDB記錄中去除各種配體。 它只是足以刪除HET，HETNAM，HETATM ....，即。那些在哪裏用3字母代碼標識化合物，還是有必要清理其他一些領域？

是否有任何python | perl腳本已經爲此寫作？

Answer 1

open(FILE,"file.pdb"); 
@file=<FILE>; 
foreach (@file){ 
if (/^HETATM/){ 
print $_,"\n"; 
}} 

這分離出配體。去除配體，保持不等於正則表達式的前面。