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    mas5正常化錯誤：無法找到函數的繼承方法

    目標：mas5正常化數據。 問題：當我嘗試以下方法R代碼裏面，我得到這個 error: unable to find an inherited method for function bg.correct for signature ExpressionFeatureSet, character 我有這麼看着，發現以下幾點：What does this mean: unable to find
    r bioinformatics bioconductor 2017-09-04

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    接受稍微不同的輸入snakemake規則（.fq VS .fq.gz）

    我是新來snakemake，並希望能夠通過trim_galore採取任何一對.fq文件或一對文件，並運行他們得到一副修剪的輸出文件。沒有給我所有的Snakefile，我有下面的醜陋的解決方案，我剛剛複製規則並更改輸入。什麼會是更好的解決方案？ #Trim galore paired end trimming rule for unzipped fastqs: rule trim_galore_u
    bioinformatics snakemake 2017-09-06

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    如何安裝和使用github代碼進行下一代測序數據分析？

    從VIPREADME.md文件： 安裝 一臺機器上安裝VIP的步驟如下： > git clone https://github.com/keylabivdc/VIP > cd VIP > cd installer > chmod 755 * > sudo sh dependency_installer.sh > sudo sh db_installer.sh -r [PATH]
    python bioinformatics biopython 2017-09-10

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    ete3：如何從分類標識中獲得分類級別名稱？

    我想用它來轉換一堆標識符，但我需要確切地知道哪個分類等級被分配給每個分類標準代碼。下面顯示的是一個有意義的轉換示例，但我不知道如何標記某些分類調用。基本的分類等級是:(域，王國，門，類，次序，家庭，屬和物種）https://en.wikipedia.org/wiki/Taxonomic_rank。 對於大多數情況下，它很容易，但在細菌的亞種和菌株的情況下，這可能會引起混淆。 如何獲得ete3來指定
    python bioinformatics taxonomy ncbi ete3 2017-09-10

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    Blast +本地配置：如何配置nt和nr數據庫？

    我正在配置Blast +在我的mac上（os sierra）並且在配置我也在本地下載的nr和nt數據庫時遇到了問題。我正在嘗試關注NCBI的指令here，並且正在執行配置和執行步驟。 他們說改變我的.bash_profile，以便它說： export PATH=$PATH:$HOME/Documents/Luke/Research/Pedulla\ 17-18/blast/ncbi-blast-2
    command-line path bioinformatics blast ncbi 2017-09-10

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    根據返回的結果和以前的正則表達式的規則創建一個新的正則表達式|索引正則表達式並查看正則表達式如何匹配子字符串

    我特別關注R，Perl和shell。但任何其他編程語言也可以。 問題 有沒有一種方法，以在視覺上或程序檢查和指數基於正則表達式匹配的字符串？這是爲了引用第一個正則表達式及其第二個正則表達式的結果，以便能夠修改匹配字符串的一部分併爲該特定部分編寫新規則。 https://regex101.com確實可視化某個字符串如何匹配正則表達式。但它遠非完美，對於我的龐大數據集效率不高。 問題 我有我的第一個正
    r regex shell perl bioinformatics 2017-09-11

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    從SeqIO.index生成的字典中刪除項目

    我正在使用Python 2.6.6，並且我試圖刪除中的，它們與file1中的讀取重疊（即相同）。這裏是代碼我想實現： ref_reads = SeqIO.index("file1.fastq", "fastq") spk_reads = SeqIO.index("file2.fastq", "fastq") for spk in spk_reads: if spk in ref_r
    python dictionary bioinformatics biopython fastq 2017-09-13

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    使用多線程在R中運行shell腳本

    我想用命令system（）在R中運行shell腳本（BLAST + in NCBI），但它似乎只使用一個線程，即使我在shell腳本中設置了多個線程。在這種情況下，我應該怎麼做才能使用多線程？ 的代碼是 system("blastp -query query.fasta -db db.fasta -num_threads 16 -outfmt \"6 qseqid sseqid pident pp
    r multithreading parallel-processing bioinformatics blast 2017-09-13

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    snakemake如何編碼對analisys

    我想使用gatk重新校準使用對樣本（腫瘤和正常）。我需要使用熊貓來解析數據。這就是我所寫的。 expand("mapped_reads/merged_samples/{sample[1][tumor]}/{sample[1][tumor]}_{sample[1][normal]}.bam", sample=read_table(config["conditions"], ",").iterrows
    bioinformatics snakemake 2017-09-19

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    Snakemake規則

    我想使用snakemake製作一個生物信息學流水線，並使用Google搜索它並閱讀文檔和其他內容，但是我仍然不知道如何使它工作。 這是我的一些原始數據文件。 RAWDATA/010_0_bua_1.fq.gz，RAWDATA/010_0_bua_2.fq.gz RAWDATA/11_15_ap_1.fq.gz，RAWDATA/11_15_ap_2.fq.gz ...他們都是配對的文件。） 這裏是我
    bioinformatics snakemake 2017-09-25
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