bioinformatics

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我試圖與R獲得猿對齊使用此代碼： library(muscle) #https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/muscle.html muscle(x, exec = "muscle", MoreArgs = "", quiet = TRUE) 但控制檯說： Error in muscle(x, exec = "muscle"

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在Python中過濾奇怪的文本文件

我有一個文本文件，其中每個ID行以>開頭，下一行是一系列字符。並且在字符序列之後的下一行將是以>開始的其他ID行。但在其中的一些，而不是序列我有「Sequence unavailable」。 ID行之後的序列可以是一行或多行。像這樣的例子： >ENSG00000173153|ENST00000000442|64073050;64074640|64073208;64074651 AAGCAGCC

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如何獲取用戶指紋生物度量數據？

我需要得到用戶指紋生物指標數據使用iPhone與我連接下面的鏈接的設備。雖然是否有可能使用該設備從iPhone獲取生物指標數據，或者現在市場上是否有其他設備或技術。我對iOS的主題感到困惑不已。如果您已經知道這些信息，請發送寶貴的反饋意見。在此先感謝。 FbF®mobileOne QuickDock Nexa|Fingerprint™ – Fingerprint Recognition Soft

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在MacOS塞拉利昂安裝Biopython 10.12.5

我使用MacOS的塞拉利昂，我試圖在最後關於Python 3.5安裝Biopython 1.68我不能安裝它在所有我得到了一個失敗的結果:( 我跟着步驟，去到該文件夾Biopython然後我把這個在我的終端蟒蛇的setup.py建立或python3 setup.py的建設而且我裝蘋果的命令行工具，Xcode中我的Mac上，但我不知道如何在我的Mac上安裝Biopython 我ha Ana A

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使用GRanges對象上的座標從FASTA文件中提取序列片段

我需要提取枯草芽孢桿菌的基因間序列。我有枯草芽孢桿菌中的R，與seqinr進口的完整DNA序列。我使用包seqinr的函數read.fasta將dna序列導入到R中; 我然後創建來自枯草芽孢桿菌基因庫文件中使用包「genbankr」來提取基因間座標的GRANGES對象。這是我GRANGES的格式與基因間座標對象： GRanges object with 3841 ranges and 1 m

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BWA找不到本地索引文件

我正在嘗試將.fasta文件導入到bwa中，以便使用參考基因組將映射到我的讀取映射。不過，我目前得到這個錯誤： [E::bwa_idx_load_from_disk] fail to locate the index files 任何幫助嗎？這裏是我的代碼： #!/bin/bash source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/module

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R列取代數據框中的其他列的字母表

我有一個數據框有三個參考列ref，het和hom在每一行中，我想要替換列中的字母/基因型，其中G = C，A = T，AG = TC或基於參考列反之亦然。 structure(list(SNP = c("rs1", "rs2", "rs3", "rs4", "rs5", "rs6", "rs7", "rs8", "rs9"), ref = c("GG", "AA", "AA", "GG", "G

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正確的邊緣重組交叉DNA裝配

我試圖實現遺傳算法將DNA片段組裝成一個只給出光譜序列。我唯一的運營商是Edge Recombination，我確信它足以獲得相當不錯的結果。但是......我無法擊敗80％（最佳分數的百分比），並且有500個碎片的實例可能需要2小時（如果在100次迭代中沒有改善，算法會停止）。我甚至執行它的權利？我沒有發現任何交叉運營商應該選擇匹配更好的元素（片段重疊 - 在大多數論文中，它只是我們挑選的），

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如何查找提交文本框的路徑

我試圖在本地應用程序中引用一個URL，並且難以找到正確的引用路徑。它使用網站轉換爲所請求頁面的另一個值的值。主要網址是http://exac.broadinstitute.org/ 我輸入包含rs113488022變化，該網站將變成一個變種 http://exac.broadinstitute.org/variant/7-140453136-A-T 不幸的是我沒有這個變異值直接通過，並且正在從

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使用Perl突出顯示DNA序列中使用HTML標記的匹配模式

我正在使用Perl中的CGI腳本生成HTML頁面。我需要篩選一些序列以檢查它們是否包含特定模式;如果它們包含它，我需要在我的頁面上打印每行50個鹼基的序列，並突出顯示序列中的模式。我的序列在一個名爲%hash的散列中;鍵是名稱，值是實際序列。 my %hash2; foreach my $key (keys %hash) { if ($hash{$key} =~ s!(aaagg)!