bioinformatics

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    我正在嘗試通過完整的DP表做回溯。假設表格正確填寫了正確的值..如果需要,我可以發佈表格的片段。 但這裏是我的代碼片段從回溯生成字符串 def stringBuilder(array, xLine, yLine): StringA, StringB = "", "" i, j = len(xLine), len(yLine) minCost = array[i][

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    我正在實施一個可以監控後臺作業的應用程序(BLAST program)。 我希望當PID等於0時停止輪詢過程。 但在我的長輪詢例子中,輪詢過程繼續運行,甚至使用abort()函數。 此解決方案不適合我。 var poll_xhr; (function doPoll() { setTimeout(function() { poll_xhr = $.ajax({

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    我想解決一個生物信息學問題。基本上,用戶輸入一個整數,並且輸出所有可能的A,C,G,T排列,這些排列是所估算整數的長度。整數可以更大4.例如: 如果用戶輸入2,I將輸出: ['AA', 'AC', 'AG', 'AT', 'CA', 'CC', 'CG', 'CT', 'GA', 'GC', 'GG', 'GT'] 如果用戶輸入5,I將輸出: ['AAAAA', 'AAAAC', 'AAAAG

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    這是一個具體問題,但有人必須這樣做。我想從pubmed那裏得到最新的論文。不是關於某些主題的文章,而是所有主題。我想根據修改日期(mdat)進行查詢。我使用biopython.py和我的代碼看起來像這樣 handle = Entrez.egquery(mindate='2015/01/10',maxdate='2017/02/19',datetype='mdat') results = Entr

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    我正在處理我的第一個Shiny應用程序,並且無法爲我的情節制作一個輸入參數,而無法響應用戶輸入到textInput框中。 這是一個瘦身的代碼示例,這應該看起來很熟悉那些以前曾經與之合作過的人。 #ui.R library(shiny) shinyUI(fluidPage( titlePanel("Shiny App"), sidebarLayout( sidebar

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    import requests MSA_request=""">G1 MGCTLSAEDKAAVERSKMIDRNLREDGEKAAREVKLLLL >G2 MGCTVSAEDKAAAERSKMIDKNLREDGEKAAREVKLLLL >G3 MGCTLSAEERAALERSKAIEKNLKEDGISAAKDVKLLLL""" q={"stype":"protein","seque

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    我有幾個FASTA文件,我想更改頁眉 >XP_001267680.1 conserved hypothetical protein [Aspergillus clavatus NRRL 1] MTEILARLTAPSAYRYASCEILEDYGRQLRELIAYIKQPRTTADIATAAEFLLDNLDPSLHSASY... >XP_001267682.1 60S ribosomal pro

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    優點! 我有一個可視化項目,將生物數據呈現給canvas圖表,其中我使用名爲jgv.js(doc API)的javascritp框架來生成畫布。 這裏有一個簡單的配置演示: <!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>IGV Data Vis</title> <link

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    我有一個複雜的fasta文件,其中包含794個條目,我想根據我創建的各種ID列表進行子集化。 的FASTA文件是格式如下所示: >5_B1_CZ.1:572-889 ID:5_B1 Contig:1 ATGTCCTGGATDCGTTACTTGTGTATTGCCGGTCCTC 基於前面的回答中,我使用下面的代碼讀取FASTA文件。 fastafile<- read.fasta(file = "

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    事先道歉,我已經做了一點哈希。我有一個相對較大的數據集,如下所示: 這裏存在問題。我一直在創建GLM,從中我可以估計出混雜變量和夾具的基準線(如果你不知道我在這裏的意思,基本上我需要計算我的最佳擬合線,而不是通過平均值點)。這一切都很好,很棒,因爲我製作了一行代碼,可以解決這個問題。可悲的是,我有19張這樣的圖 - 每行1張 - 需要爲6組數據做這件事。 我試圖使這個過程自動化,到目前爲止是痛苦和