Samtools pysam隊友

Question

我正在使用pysam對.bam文件進行圓頂數據挖掘。我想檢查一個閱讀是否有映射隊友。如果隊友沒有被映射命令

mate = samfile.mate(read1) 

拋出一個錯誤，所以如果我做

if samfile.mate(read1): ... 

拋出一個錯誤，太。任何其他方式來檢查讀取是否有映射隊友？

謝謝。

Answer 1

AlignedSegment.mate_is_unmapped應該爲你工作。見docs for pysam

if not read1.mate_is_unmapped: 
    mate = samfile.mate(read1) 
    ... 

或者，你可以只捕獲異常並繼續前進，但依靠的異常處理程序的正常流動是不理想的。