蛋白質組學數據的子網分析

Question

背景：我有來自7個樣本的蛋白質組學數據（倍數變化的pvalue/log-score），我想通過網絡（interactome）分析來分析數據。

問題：我喜歡從數據中創建所有蛋白質的interactome，並將蛋白質映射到具有顯着的pvalue（與對照比較）的網絡中，之後我喜歡創建子網絡;也喜歡將通路豐富化添加到子網絡。

請求：請建議符合我的要求的在線或獨立工具（或算法）。

謝謝！

Answer 1

爲了創建網絡圖表來表示您的蛋白質 - 蛋白質相互作用，我建議看看networkx庫。您可以使用它來傳遞一些節點（感興趣的蛋白質）和邊緣（交互）並生成一個圖。我相信它也可以生成這些圖的子網。