'circos'風格情節與matplotlib？

Question

有沒有人知道是否有方法使matplotlib python包或任何其他python庫製作circos-style地塊？他們不必像這個例子那樣好看。

Answer 1

據我所知，這沒有直接的功能。如果我要創建此功能，我將使用polar plots作爲起點，然後創建一個transformation以將數據位置沿着圓軸轉換爲極座標。

Answer 2

Yann的想法很棒。而且，circus是由Perl和GD和其他模塊開發的，然後輸出SVG（或png）。如果你想創建新的輪轂的Python也可以做到這一點:)

據我所知，如果你想circos風格的圖像（圓形風格）由matplotlib，你最好直接寫原始Python代碼：

1. 學習基本的語法SVG
2. 使用Python來生成基本佈局
3. 設計你的圖像元素
4. 計算和轉換數據座標;你最好在極座標系下考慮它（我做了同樣的事情，但沒有開源代碼。）
5. 輸出你的元素。

如果你喜歡，加入circos的谷歌小組討論：http://groups.google.com/group/circos-data-visualization

Answer 3

看來，Biopython的模塊GenomeDiagram具有類似的功能，但它是專爲繪製基因組數據，但沒有任何數據，如circos，並且輸出結果不會那麼好。