fastq

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    使用扭矩/ PBS「不允許從主機訪問」創建新隊列

    我已經執行了以下命令。 qmgr -c "create queue fastq queue_type=execution" qmgr -c "set queue fastq started=true" qmgr -c "set queue fastq enabled=true" qmgr -c "set queue fastq acl_hosts=compute-0-30" qmgr -c
    pbs torque fastq 2013-08-06

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    Python字典，使每一個奇數行向密鑰和偶數行從文件

    喜價值，我有一個文本文件中像這樣： >NM_145914.2:212 TCTGATGGTAAAAGTCGAGGAGAAAGAAGA >NM_000614.3:1086 ATTCAATTTAAAATCAGACTCTTTAGTTGA >NM_012096.2:2808 CAGTTAAGGTTTCAAATTGTGGCAGGTGGT >NM_173465.3:1682 GTGCGTCGGGT
    python dictionary fasta fastq 2014-01-05

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    替換用@符號使用SED，AWK開頭的線路，切斷

    這很簡單，但我希望有一個快速的命令（使用SED，切，AWK或東西在BASH最好）要做到這一點： 取代以符號@開頭的行： @<text, on one line, including numbers, letters and colons> 與 @<text, on one line, including numbers, letters and colons>/1 的@始終保持一致，在<t
    bash awk sed cut fastq 2013-09-30

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    如何創建一個索引來解析大文本文件

    我有兩個文件A和B FASTQ格式，它基本上是在開始的@ 4行集團組織的文本幾個億線如下： @120412_SN549_0058_BD0UMKACXX:5:1101:1156:2031#0/1 GCCAATGGCATGGTTTCATGGATGTTAGCAGAAGACATGAGACTTCTGGGACAGGAGCAAAACACTTCATGATGGCAAAAGATCGGAAGAGCACACGTCTGA
    python sqlite file indexing fastq 2014-01-13

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    glib命令行解析是否順序敏感？

    glib的命令行選項解析順序是否敏感？在下面的代碼中，我在GOptionEntry陣列中的--bar之前定義了選項--foo。解析--foo --bar將這兩個都設置爲true，但--bar --foo只有foo爲true。我如何讓它無視秩序，因爲無序的選項是* nix afaik中的常態。 #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <st
    c command-line-arguments glib fastq 2014-01-16

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    動態地分配文件名以匹配目錄名稱

    #!/bin/bash #script to loop through directories to merge fastq files sourcedir=/path/to/source destdir=/path/to/dest for f in $sourcedir/* do zcat *R1*.fastq.gz | gzip > $destdir/R1.fastq
    bash fastq 2013-08-21

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    在Perl中的一個目錄中讀取相同的擴展名多個文件

    我目前在閱讀一個目錄中的文件時遇到問題。 我需要把一個文件中的所有fastq文件，併爲每個文件運行腳本，然後把新文件放入'Edited_sequences'文件夾。 該一個腳本我是 perl -ne '$i++; if($i<80001){print}' BM2003_TCCCAGAACAAC_L001_R1_001.fastq > ./Edited_sequences/BM2003_TCCCAG
    perl loops fastq 2013-08-21

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    如何在我的bash腳本中使用並行編程/多線程？

    這是我的腳本： #!/bin/bash #script to loop through directories to merge fastq files sourcedir=/path/to/source destdir=/path/to/dest for f in $sourcedir/* do fbase=$(basename "$f") echo "Insid
    multithreading bash parallel-processing fastq 2013-08-22

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    按順序連接文件Linux命令

    我剛開始學習使用命令行。希望這不是一個轉儲問題。 我在我的目錄下面的文件： L001_R1_001.fastq L002_R2_001.fastq L004_R1_001.fastq L005_R2_001.fastq L001_R2_001.fastq L003_R1_001.fastq L004_R2_001.fastq L006_R1_001.fastq L002_R1_00
    linux sorting cat fastq 2013-10-15

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    在Perl中合併具有相同文件名的文件

    我目前在合併Perl中的文件時遇到了問題。 有兩個目錄/文件夾，它們成對地包含相同的名稱和擴展名文件。 例如，在文件夾1中，我有文件1.fastq，2.fastq，....，10.fastq。 在文件夾2中，我具有完全相同的文件名1.fastq，2.fastq，....，10.fastq，但它們包含不同的信息。 我希望將這些文件具有相同名稱的合併，在開始的時候我嘗試了cat命令 $ cat 1.f
    perl file-io fastq 2013-10-22
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